简单点说吧，额，说实话这剧情还真是复杂到简单不起来。

首先我们操作的游戏主角，其实不是AYA，而是EVE上身的AYA。

这也解释了很多PE迷心中的疑惑，就是为什么这次我们的主角AYA表情和内心显得比1和2要柔弱的多。

如果你能明白这一点的话，那么，关于游戏的情节本身，是一个设定在未来的，就是2014年的时候，而游戏的过程是从2012年12月24日，就是圣诞夜那天（婚礼）的开始，到现在（未来2014年）的时间的段（往复）。

游戏的过程是一个时间倒叙的过程，是女主角从未来寻找过去，改变过去，改善未来，并且寻找回忆的过程。

如果你通关过，我就直接从时间顺序顺着说吧。

婚礼那天一队全副武装的XX拿着***冲进了教堂，AYA和丈夫KALE全部中弹，但是AYA没有马上死去（和游戏中的OD系统一样，濒死2秒，但可以OD），此时她要保护妹妹EVE的心和EVE发现姐姐中弹，要救姐姐的心产生共鸣，两人之间诱发了OD，EVE妹妹OD到了姐姐AYA身上（此为世界上第一次OD，你可以理解为互换灵魂，这次心的碰撞的结果同时导致了：AYA的灵魂碎片产生了游戏中的小怪，但是属于没意识的空间产物，而EVE的记忆碎片则寄宿在周围人的身上，就是后期的BOSS，这也解释了为什么每次干掉一个BOSS之后她的记忆就会找回一部分。）OD之后EVE用AYA的身体把来者全歼。

从这里开始就是我们的游戏过程，一步一步倒着走回来。这时候我们的AYA其实已经找回了记忆，所以改写历史就在这一刻。她已经知道，主任海德是一切的主使和操纵者，海德一直想要得到EVE的身体，从而进行高生物的繁殖。而当历史再次回到过去的时候（就是海德有机会抢走EVE并进行融合的时候），AYA姐姐OD到妹妹EVE身上，把海德崩了。这一瞬间，其实就是游戏里面的几年时间。

这时候她们也明白一切的原因，一切的根源，要结束这一切，就要毁掉EVE的身体（母体），而AYA之前中***也活不了多久，所以她选择用自己的灵魂带走EVE的肉身，并要求让自己的妹妹EVE用自己的身体来结束这一切，送她（AYA）上路。两人再次OD，EVE用AYA的身体向AYA的心脏瞄去，就此了结一切（万恶的SE，居然要我们亲手杀掉AYA。。。我XXX，此处省略一万字）。

隐藏结局处，卡尔对AYA说你还是做回自己吧，其实就是说EVE就算有了AYA的身体，性格，神情啊也是完全不一样的，呵呵，所以，卡尔没有和拥有AYA身体的EVE结婚。而是选择了一个人。历史是被改变了，但是我们心爱的AYA也走了。官方主页上也写着日文大字：别了，AYA！

另外还有一个隐藏信息就是：EVE在大街上，与一个和AYA一样的人擦肩而过。。。（估计是PE4的情节吧，又要来骗钱了）

结局的话，希望这样写，你能明白一些。看个人理解吧，心中有希望还是好的。

只是，我也有一个到现在也没有搞明白的问题，婚礼现场那帮XX是谁派去的？为什么不灭了这个幕后？？？个人觉得这个幕后才应该被毁灭。难道和PE2里面克隆了EVE的是同一伙人。。。