有人假冒时代基因检测能上A基FUN吗?

原标题:基因检测—无处不在的變革与竞争

谁先突破上游技术谁就有机会挑战垄断者的地位,甚至缩短产业链条重构中下游产业链。

Illumina的发展史离不开中国基因科技嘚发展和基因检测公司的贡献,2010年华大基因购买了 128 台 Illumina 测序仪华大基因成为当时全世界最大的测序服务商,也因此华大基因成为了 Illumina 最大嘚客户,占其业务量的 40%对于卖方 Illumina 来说,现金奶牛诞生了它立即宣布其配套试剂价格每年将涨价 4%,测序系统直接成为其美国本土销售价格的 2 倍

甚至,设备制造商拒绝向华大基因提供基本资料阻挠其向国家监管部门申请基因测序设备注册审批;同时,与华大基因合作的儀器商还以各种借口拖延并终止已购设备的维修,并将价格本就偏高的临床使用试剂耗材提价近一倍让华大基因近 1 亿美元的设备险些陷入瘫痪。

这一切的背后是基因测序产业链条的不平衡。基因检测产业链分为上中下三个环节:上游是测序仪、试剂、耗材被 Illumina、Thermo Fisher 等少數几个公司垄断,中游提供检测+生物信息分析的测序服务下游临床、科研等终端用户。市场集中在产业链中下游已是红海,而真正的荇业命脉是上游市场这块市场被少数几家垄断。

中下游之所以成为红海是因为上游技术壁垒太高,中游下游公司主要买 Illumina 的仪器然后給医院提供服务。基因检测技术是由上游驱动的上游产品对下游服务类企业成本制约和限制很大。「不把握上游的话上游公司推出一個新的概念可能颠覆整个市场。」田晖博士说田博士是斯坦福大学的博士,也是安序源的创始人

也正因为如此,上游享有强势的议价權甚至让中国最大的基因检测公司华大基因处于劣势地位。面对Illumina的步步紧逼卸磨杀驴的做法,华大基因自然不甘任洋人宰割在董事長汪建带领下开始国产测序仪的自强之路。2013 年 3 月 18 日华大基因宣布以 1.176 亿美元收购上游公司

2015年10月24日中国深圳--在第十届国际基因组学大会(ICG-10)仩,华大基因发布了其自主研发的新型桌面化测序系统BGISEQ-500该仪器是华大基因继今年6月推出“超级测序仪”―RevolocityTM之后的第二款测序系统。华大基因2013年全资并购Complete Genomics (CG)经过两年的攻坚,连续发布多款测序系统展现了其并购整合之后,迅速实现技术转化及再创新建立起了生命科学领域高端仪器研发和制造的雄厚实力。

BGISEQ-500配备双芯片平台可适配FCL和FCS两种芯片类型,通过不同设置可实现16种测序模式数据产出通量在8Gb—200Gb之间洎由选择,可满足实验室和临床不同应用情景的测序需求而无需同时购置低中高三种不同通量测序仪。该发布会还同时展示了个人基因組测序、农业基因组测序、转录组测序等应用的实际测试数据以及在产前诊断、遗传病检测、肿瘤基因检测等临床应用方面的实例,在准确度和一致性方面均达到甚至超过一线成熟商业测序系统的水平

2016年11月5日,华大基因在第十一届国际基因组学大会(ICG-11)上发布了其自主研发的高通量台式测序系统BGISEQ-50这是华大基因继2015年10月24日发布首款桌面型高通量测序系统BGISEQ-500后的又一力作,而BGISEQ-500的订购量已突破500台

华大基因执行副总裁、华大智造执行总裁牟峰表示,BGISEQ-50的诞生标志着我国已完全具备了自主可控的核心测序技术和能力,将加速推动以基因科技为支撑嘚生命数字化建设

BGISEQ-50是一款更专注、更小巧、更精简的高通量测序平台。该系统沿用了先进的联合探针锚定聚合技术(cPAS)和DNA纳米球(DNB)核惢测序技术采用高精密部件,内置独立的样本加载试剂槽和全自动试剂针穿刺系统在简约化的结构中自动集成样品加载、测序和分析等多项功能。

BGISEQ-50适用于无创产前筛查、植入前胚胎染色体筛查、染色体异常检测、未知病原体快速检测等临床应用以及RNA表达谱测序等科研领域以无创产前筛查为例,BGISEQ-50测序系统单次运行可以完成16个样本检测每台仪器每年可以为超过1万个孕妇提供快速准确的检测服务。

2016年5月27日华大基因初夏发布会在武汉光谷召开,会上发布了测序应用整体解决方案BGISEQ-500n这是全球测序技术领域首次大批量列装“中国造”,标志着Φ国在高端测序技术的源头创新和上下游协同发展的突破及引领

2017年4月5日BGISEQ-500测序平台首个人类基因组重测序数据相关文章发表于开放期刊GigaScience

2018年1月,BGISEQ-500和NIFTY配套试剂盒获得泰国食品药品管理局颁发的进口***标志着华大自主研发的BGISEQ-500及用于胎儿染色体非整倍体检测的***产品可在泰国境内被合法投入市场使用。

但是几年过去,中国基因测序市场上游的局面并没有被颠覆而中国中下游基因测序公司已成红海。以腫瘤检测为例在基因检测所有应用中,目前针对人类第一大杀手疾病——肿瘤的基因测序将会占比最高市场需求最大, 可达百亿市场规模。其中包括外周血的 ctDNA 检测在内的液体活检将是重要方向。

2016 年、2017 年大概有上千家公司在做这个方向市场瞬间成为红海。然而很多公司沒有自己独到的技术只有一个概念就成立了一个公司,造成了市场过度拥挤

这只是一小部分,据《财经》杂志报道截至 2016 年 9 月,共有 32 镓精准医疗公司完成融资其中 A 轮 20 家、B 轮 11 家、C 轮 1 家;共有 9 家公司得到亿元以上的融资。而在 2017 年大概有上千家公司挤进这个市场但真正挖箌金矿的并不多。

即使有类似华大基因这样的龙头公司的努力上游壁垒始终未被打破。这既是一个困境又是一个机会——这意味着,誰先突破上游技术谁就有机会挑战垄断者的地位,甚至缩短产业链条重构中下游产业链。

但是illumina这样上游的王者也坐不安稳,因为基洇检测的上游还存在一个必须面临的更迭那就是技术的更新,illumina主打的二代测序也是目前主要的测序方法,但三代测序、四代测序也在鈈断发展做好了代替二代测序的准备,另外还有像基因编辑技术应用于基因检测的创新也是目前流行技术的潜在挑战者

「我们没有接受他们的收购。原因是他们给出的价格远远低估了 Illumina 的市场份额和自身价值」Illumina 全球副总兼首席官 Tristan Orpin 在罗氏开价 67 亿美元、第二次对其邀约收购時表示。

罗氏和 Illumina 分别是各自领域的老大前者占据体外诊断市场的三分之一,后者占据基因测序市场的 70% 以上

然而间隔仅短短几个月,罗氏再次邀约价格涨了 15 亿美元。面对罗氏的强势入股Illumina 管理层最终发动「毒丸计划」,不惜以牺牲自身股价的行为摊薄对方的股权,使嘚罗氏最终放弃

表面上,这是一个大鱼吃小鱼的资本故事以罗氏集团为龙头的体外诊断目前有数千亿元的全球市场。截止至 2016 年年初羅氏以 2192.63 亿美元排名全球药企市值第二。而 illunima 的市值仅为罗氏的零头事实上,两家公司的资本争斗的背后是行业解决办法之争,是未来趋勢之争

未来诊断和测序将实现融合,融合过程中诊断和测序谁的路线会最终胜出,谁就有可能领导这场趋势变革

而技术的迭代对这個行业的排名和市场占有率有着极大的影响,路线的选择本质上就是技术迭代的比拼

在这场战争里,罗氏扮演着卧薪尝胆的角色——Illumina 曾通过技术将罗氏清出基因检测市场而罗氏正准备用更新的技术夺回市场主导权。

2007 年罗氏曾是这个市场的王者。罗氏以 1.55 亿美元现金和股票从 CuraGen 收购了开创二代基因测序技术先河的 454;并在此后的几年里罗氏凭借 454 成为二代测序市场的领头羊。

而 Illumina 占下了这片江山原因在于 2013 年,新仩市的测序仪如 Illumina 的 MiSeq 等通过价格的竞争,通过通量的竞争对 454 技术带来沉重的打击。战争悄然结束罗氏惨败。2016 年罗氏黯然宣布关闭 454并裁掉约 100 名员工。

罗氏的撤退并非意味着放弃这个市场相反,它产生了对这块市场极大的焦虑和欲望因为它看见了,5-10 年之后体外诊断市场很可能以基因测序为主,这意味着 5-10 年之后谁能够掌握基因测序的关键技术谁就有可能变成体外诊断市场的新领导者。

罗氏刚输了一仗而如果再输下这一仗,那可能就是把龙头老大的位置拱手让给目前测序的老大 Illumina甚至将被时代永远地抛弃。

外界看来illunima 是不怕这场战鬥的。因为通过过一系列收购、战略合作等手段Illumina 业务范围早已渗透测序行业上、中、下游,连续多年被 MIT 评为「世界最智慧的公司」

罗氏并未正面作战,而是在前线修筑战壕——罗氏一直在布局基因测序并且是更先进一代的技术。因为罗氏知道这场战役是技术迭代之爭,只有通过新一代技术才能直接与 Illumina 竞争。罗氏以 3 亿 5 千万美元收购第四代基因测序技术公司 Genia罗氏同时也布局了第三代,包括投资了 Pacific Biosciences 等公司

第四代技术布局,或将成为罗氏的入场门票——现有的二代技术平台上已经失败了所有人假冒时代基因检测都在找一个新的突破ロ,就是往第四代这个技术走并全力以赴在做第四代。

当前市场上第二代是领先的,但存在明显的两大约束:一是需要分子扩增二昰使用光学系统检测。先来说分子扩增:由于单个 DNA 分子产生的信号太弱无法被检测系统识别,需要进行生物放大在放大的过程中,有嘚片段更容易被放大有的较困难,这就产生了不均一性最后导致有些片段的数量过低,在检测过程中被漏掉其所携带的信息也就丢夨了。分子扩增流程还限制了读长即有效测序长度。Illumina 二代测序仪的最大读长在 300 个碱基以下对比一下测序的对象:人类生殖细胞(单倍體)的 DNA 总长 32 亿对碱基;体细胞(二倍体)是生殖细胞 DNA 总量的两倍,分布在 23 对染色体里即 64 亿对碱基;其中最短的 Y 染色体中 DNA 的长度也达到了 5900 萬个碱基。

用 300 个碱基长的片段拼出人类基因组单倍体是个什么概念呢如果人体 DNA 是一本书的话,需要把这个书撕碎成小碎片然后再重新拼起来。那么每个碎片有多小打个简单的比方:当下火爆的畅销小说《权利的游戏》5 部大约 200 万字,相当于将每个字撕成 5 份再拼成一整蔀书。可想而之这是个如何复杂的过程。而越复杂的系统出错的可能越大,这是二代测序技术的一大短板

再来说光学检测系统的局限性。光学检测系统已经为大众熟知:照相机、手机镜头都属于光学检测范畴摄影爱好者都知道,在低光环境下照相难度比较大所需曝光时间长;这是因为光信号弱,需要通过时间代偿来增加强度二代测序中的光信号来自荧光标记,其强度相当于夜空里的并不明亮的煋星为了提高检测准确率,除了使用上文提到的分子扩增还需要用到灵敏的光学器件。如 Illumina 最新推出的 iSeq 就用到了 CMOS 光学传感器灵敏光学傳感器的成本较高,这也是二代测序仪价格较贵的原因之一为了配合光学检测系统,二代测序的测序流程都包含了循环同步洗脱程序即每测一个碱基,都需要进行清洗以除去背景光学噪音以 Illumina 为例,其采用的边合成边测序可逆终止子化学要求每延伸一个核苷酸就要进荇一个循环的荧光检测,裂解荧光基团洗脱。这是 Illumina 的标志性技术却也有着不可忽视的缺点:测序时间长。

这两个缺点造成了很多场景沒有办法应用比如走出大型检验中心直接进入基层医院和诊所,以及更广阔的个人消费市场技术迭代要做的事情就是解决这两个问题。国际市场上主流测序平台由美国 Illumina、Ion Torrent、 Roche 454、 Pacific Biosciences 这四大生产商制造其中 Ion Torrent(2.5 代)和 Pacific Biosciences(三代)的技术是在 Illumina 上迭代的,但是仍未能撼动其市场地位

這是因为 2.5 代和三代各有局限。2.5 代的代表是 Ion Torrent其技术特点是使用离子感应场效应晶体管取代光学传感器,简单来说就是将复杂昂贵大型的超敏「照相机」换成了小型的芯片用以检测生物信号转换成的电信号。这一变革大大降低了仪器成本一举占领了中国 50% 的市场。然而其苼物信号的产生依然依赖于焦磷酸测序技术,在精确度上无法与 Illumina 较量并且没有解决分子扩增步骤带来的读长短等问题。

第三代的突破在於去掉了分子扩增步骤即所谓的单分子测序。单分子测序在生物学及临床诊断领域具有划时代的意义分子扩增步骤会引入人为误差,對一些需定量的应用显著不利如 RNA/cDNA 测序等。单分子测序解决了这一难题;而样品制备步骤的大大简化则满足临床诊断的诉求然而,其配匼单分子测序的检测部件是比二代测序仪更为高精尖的光学仪器因为失去了分子扩增带来的信号放大,导致成本直线上升以三代技术嘚杰出代表 Pacific Biosciences(PacBio)为例,其平均测序成本是 Illumina 的十倍以上这在价格敏感度高的市场中竞争力不高。因此 PacBio 虽然在生物学上做出了重大突破却只占有全球 3% 的市场份额

第四代的出现是颠覆性的:不仅能做到单分子长读长测序,还实现了检测部件芯片化从而大大降低成本——第四代技术是单分子测序核心在于长读长、小型芯片化、适合临床应用市场。这正是测序发展趋势:测序和诊断的融合

学术和工业界一致认為目前二代测序技术,最可能由第四代测序技术取代

罗氏看到了这个机会,第四代技术有颠覆 Illumina 的可能原因在于,测序真正运用到临床診断因为精准医疗这个概念基本上也是建立在测试的基础之上,所以要想把精准医疗真正运用到造福人类上的话就要两者相结合。

但 Illumina 主要垄断的还是研究市场二代技术的两个局限,读长短和价格高制约它在临床诊断上的应用。大部分手续相当复杂整个测序流程非瑺复杂。

Illumina 要想进一步发展就要走出研究市场的局限性就必须往诊断市场走。Illumina 自己也在布局第四代早年投资了第四代公司 Oxford Nanopore。但因为商业囮协议纠条款的纷问题失去了对这公司的控制,这起投资最后成为了财务投资对 Illumina 的战略布局失效。这个公司在市场上融资非常成功估值超过了十几亿英镑。从另一个侧面也说明了市场对第四代技术的信心

田晖博士的团队研究出了第四代的新路径,通过智慧生物芯片解决上游的痛点——从生物信号转化电信号检测到生信处理,完成基因检测并且,智慧生物芯片具有高灵敏度、高通量的特点方便赽速检测,小型廉价这项技术能将整个产业链缩短,打破上中下三游的布局——因为基因检测能直接走进临床诊断

这是第一家第四代基因测序的中国公司,但不会是唯一一家这个市场还在以超快的速度增长,根据摩根斯坦利的数据2014 年基因测序市场规模是 160 亿美金,到 2018 姩可能会成长 3 倍即 460 亿美金。除了肿瘤检测之外产前预测等多个应用方案将带动整个市场进一步繁荣。唯一需要的就是真正有技术壁垒嘚团队加入进来

除了传统的基因检测方法外,近期基于 CRISPR 系统的基因编辑技术也被应用于基因检测而且很可能颠覆传统的因检测方法,叧辟蹊径:

2月15日的《Science》上发表的两项研究分别展示了由 Jennifer Doudna 和张锋实验室基于 CRISPR 系统开发的全新诊断工具

在其中一篇论文中,Doudna的团队展现了一個名为DETECTR的系统它可以准确地识别人源样本中不同类型的 HPV 病毒。在另一篇论文中张锋团队则展示了性能优化的 SHERLOCK 系统,该系统于去年开发荿功用于检测人源样本中的寨卡病毒,登革热病毒以及其他有害细菌

这两篇论文共同证明了 CRISPR 的巨大潜力,而不仅仅只用于基因组编辑

“它使新一代诊断技术成为可能,并且比目前的技术更具成本效益 罗切斯特大学生物化学和生物物理系的助理教授 Mitchell O'Connell 说。

在《Science》发表嘚研究中Doudna 团队使用的是 CRISPR-Cas12a 系统。他们发现一个很有趣的现象:这种 CRISPR 系统在剪切靶向的双链 DNA 的同时Cas12 的 DNA 酶活性会被激活,而该酶能非特异性切割单链 DNA(ssDNA)

该研究的共同作者,加州大学伯克利分校实验室研究员 Janice Chen 对此表示:“这是一个意外但是很‘疯狂’的发现

之所以说这昰一个“疯狂”的发现,是因为这个发现为细胞内检测是否含有某目的DNA 提供了一个全新的思路:同时向细胞内递送靶向该 DNA 的 CRISPR-Cas12a 系统和非特异性 ssDNA 荧光报告基因(FQ-labeled reporter)一旦检测到目的 DNA,CRISPR-Cas12a 系统将启动与此同时,荧光报告基因也会被降解从而释放出荧光信号。

基于此Chen和她的同事們开发了一种可用于诊断病毒感染的新型诊断工具,并通过与等温核酸扩增技术的联用提高了灵敏度该工具被命名为DNA Endonuclease Targeted CRISPR Trans Reporter,简称 DETECTR

到目前为圵,科学家们已在试管水平证明 DETECTR 可以100%准确地检测出HPV16感染92%准确地检测出 HPV18 感染。HPV16 和 HPV18 能增加患者发生癌症的概率是两种特别危险的HPV 亚型。

“当然我们还需要不断改进该系统。但从原则上来说这个想法是可行的,我们真的很兴奋”Chen说。

令人欣喜的是相比于其他测试,DETECTR測试价格低廉且快捷:单次成本不到一美元只需一个小时

现在Chen和她的团队正在努力开发能轻松读取荧光信号的硬件设备。他们还想測试系统是否能响应其他人源样本如血液,唾液或尿液

张锋团队:灵敏度提高100倍,可检测多种病毒

去年张锋团队向公众展示了 SHERLOCK 如何利用 CRISPR-Cas13a 在多种人类样本(如唾液)中发现寨卡,登革热的 RNA 序列甚至一些与癌症突变相关的序列。

而今SHERLOCKv2 诞生了。与 SHERLOCK 相比其灵敏度提高了100倍,并能在同一样品中检测出多种病毒感染比如能同时检出寨卡 和登革热病毒

这些不同的 Cas 酶对不同的RNA序列表现出不同的“偏爱”程度换句话说,同时向细胞递送多种酶和多种不同荧光的报告基因一旦 CRISPR 系统发现目的基因,对应的Cas13就会启动剪切酶活性剪切相应的荧光報告基因,从而释放出荧光信号

这原理其实和 Doudna团队的 DETECTR 基本一致,只不过张锋团队设计的荧光报告基因必须是特异性而 Doudna 团队则是非特异性的。然而也正是“特异性”这个优点使得 SHERLOCKv2 可以同时检测多种序列。

同样相似的思路是为了提高灵敏度,张锋团队也引入了等温核扩增技术但是除此之外,他们向体系中还引入了CRISPR type-III中的Csm6酶Csm6酶的特异性切割序列为环腺苷酸分子和末端为2’,3’-环磷酸的线性腺苷酸。他们发現通过设计CRISPR系统使得Cas13剪切后的序列是Csm6酶的靶向序列能大大提高灵敏度。

“这些放入一个管中的所有酶它们不仅相互作用发挥了更好的莋用,而且让我们得到了珍贵的生物学信息这真是太棒了,充分向我们展现了生物化学的强大力量”论文的共同作者,来自张锋实验室的博士生 Jonathan Gootenberg说

目前,病毒感染诊断一般包括病毒分离与鉴定、病毒核酸与抗原的直接检出以及特异性抗体的检测不仅耗时长,而且对醫疗设备和操作人员的专业水准要求很高因此,如果能开发出一种不需依赖贵重设备和医护人员的智能诊断设备显得非常重要尤其对於病毒感染经常肆意横行的发展中国家。

而与 DETECTR 相比张锋团队论文所描述的诊断工具SHERLOCKv2离这样的目标更进一步。

像 DETECTR 一样 SHERLOCK 也使用荧光信号作為输出。但是不仅仅限于此张锋团队还开发了类似于验孕棒一样的试纸检测方法。现在不需要任何特殊设备,只需一张试纸SHERLOCKv2 就能显礻出病毒感染检测结果,非常易于使用

“试想一个很糟糕的情况,没有任何能源如电力然而只要有样品,SHERLOCKv2 试纸就能在现场发挥作用”O'Connell 称。而且它也很便宜:SHERLOCKv2 试纸只需几美元

虽然 DETECTR 和 SHERLOCK 已向我们展现出它们在诊断中的强大力量,但是在进入临床使用前研究者们仍有很多笁作需要做以确保诊断的准确性。

不过相信这些新诊断工具绝对将改写未来的诊断技术,尤其将给那些缺乏先进设备和训练有素的人员嘚发展中国家带来很大不同“它有影响人类健康和全社会的真正潜力”,来自张锋实验室的另一位博士生、该论文的共同作者Omar Abudayyeh说

总而訁之,两支团队正在开发的这些基于CRISPR、用于快速诊断感染的便宜设备有望为全球,特别是发展中国家的病毒(如 HPV 和寨卡)感染诊断带來一场真正的革命。

目前illumina要继续努力维持在上游的霸主地位除了不断发布新产品NovaSeq、iSeq100等进行技术迭代,此前与赛默飞世尔的联手更让业界驚讶赛默飞授权Illumina销售其优势产品Ion AmpliSeq给Illumina下一代测序平台的科研客户。

“Illumina和赛默飞在全球市场上依旧是头对头的竞争对手但从理念上来说,哪怕有竞争我们还是要打造开放平台,能够跟尽量多的伙伴合作跟赛默飞的合作肯定是双赢,可促进整个基因测序行业的发展”

同時也把手伸向了中下游,Illumina成立了癌症早筛的血液基因检测公司Grail与风投公司Telegraph Hill Partners(THP)成立针对法医领域的Verogen。2018年1月4日Illumina与中国第三医学检验行业領先者金域医学(上交所:603882)共同宣布,双方将利用Illumina的下一代测序(NGS)技术共同为中国患者开发肿瘤及遗传病检测系统专门用于分子肿瘤及遗传性肿瘤检测。本次合作是符合中国食药监总局(CFDA)审查条件并获取相关批准的重要一步并将成为以精准医疗造福中国患者的契機。2018年2月Illumina宣布它已与Harvard Pilgrim医疗保健公司签署了一份基于价值的合同。Harvard Pilgrim是一家非营利性医疗服务公司为马萨诸塞州、康涅狄格州、新罕布什爾州和缅因州的约120万人提供保险。这项协议的目标是让更多患者能够使用新一代测序(NGS)来进行无创产前检测(NIPT)并获得报销

基因测序嘚竞争还延伸到了云计算 基因测序的IT痛点

过去几年,各国都发布了大规模精准医疗计划来检查成千上万人们的基因数据中国政府2016年公布叻为期15年的中国精准医疗计划,过去两年部署了两批约100个精准医疗项目推动了中国大型测序中心、日益增长的新兴企业以及研究科学家嘚多领域创新。

不过市场发展同时,基因检测业务也面临着诸多痛点

测序公司在业务扩大、样本量不断增长的情况下,需要在生物信息学分析检测报告上得到相应扩展

首先是数据量爆发增长。“基因测序产生的数据量超过了YouTube视频数据局基因测序数据以指数级发展。”据赵瑞林提供的数据目前全球有7万多个BaseSpace注册用户。

具体到基因检测还面临着耗时、成本、扩展性、可靠性、安全性和协作等问题。

“由于竞争激烈基因检测公司面临非常大的时间压力,除了在实验过程中尽量压缩时间生物信息学分析的时间也需优化。但加速又面臨着能不能在硬件投入上做得更好”中源协和基因首席技术官罗玺认为,IT的硬件、人员成本居高不下现有资源与人员需应对业务动态增长,人为错误或者软件配置改变造成的检测结果偏差业务数据需要长期安全地保留以及数据需要快速与合作伙伴共享,都是目前需要解决的重点

基于此,针对数据处理的云计算平台近年来应运而生云平台可以实现高并发计算,减少人工干预无需在IT硬件和人员上过喥投入,系统可以对应业务增长弹性增加基础资源并经过授权下载数据,即时分享

2016年,在深圳举办的第十届国际基因组学大会上阿裏云携手英特尔、华大基因三巨头共同签署战略合作备忘录,宣布启动共建中国乃至亚太地区首个定位精准医疗应用云平台BGI Online基因数据分析平台

分析人士认为,这将是国内首个跨越行业边界由IT企业、基因和生命科学研究机构以及公有云服务提供商合力铸就的精准医疗云岼台。

BGI Online是简单高效安全的基因数据分析平台可以为研究机构,药厂和临床实验室等用户提供基因组学的数据和应用,满足行业需要針对用户的不同需求,BGI Online提供公有云和混合云的解决方案来建立完整用户的生态圈。在此基础上BGI Online将作为开放科学的平台,提供公共数据囷分析应用给所有的用户和开发者与之对应,BGI Online也会吸引第三方的应用开发者和数据分析服务厂商将他们的应用整合到公共资源中。

2018年初Illumina也发布了坐标北京的BaseSpace零维度基因云计算平台

Illumina全球副总裁、大中华区总经理赵瑞林在发布会表示,“Illumina在机器和试剂方面非常领先但在輔助工具上很多年没有重要进步。BaseSpace在美国用了很多年但在中国千呼万唤始出来,经历了很多困难”

BaseSpace是Illumina提供的基因云计算服务,可以提供基因数据的存储、管理和分析可帮助企业提高测序能力。同时它提供了一个完整的生态系统,可以分析管理Illumina测序仪产生的数据支歭各种文库,包括刚刚发布的AmpliSeq for Illumina化学试剂

不同于之前的仪器和试剂销售,BaseSpace是Illumina在中国上线的一项新业务其最早于2012年在美国上市,历时五年落地中国“本应在测序仪到中国就落地。”赵瑞林解释除内部资源调控考虑外,中国特殊的环境如上云端、寻找合作厂商等也是重偠原因。

在上游测序仪领域目前依旧是illumina雄踞霸主地位,但华大基因除了国产的测序仪进入成熟应用期在基因大数据领域也具有非同一般的竞争力之外,华大基因拥有一个所有竞争者都不具备的利器——国家基因库

201110月,深圳国家基因库建设方案由国家发展改革委、财政部、工业和信息化部以及国家卫生和计划生育委员会四部委批复并由深圳华大基因研究院组建及运营。

国家基因库采用基因信息数据庫和生物样本资源库相结合的建设模式以“存、读、懂、写、用”为建设目标,打造既有数据又有可溯源实体样本的新一代基因资源库、信息库、知识库和工具库旨在保护我国珍贵且特有的遗传资源,实现基因及数据资源共享利用提高我国基因组数据的储存、分析和管理能力,进而推动生命科学和生物产业发展

2.23日,发改委又表示下一步深圳国家基因库要紧紧抓住我国生物经济加快发展的黄金时期,把握生命科学纵深发展、生物技术广泛应用和融合创新的新趋势以基因技术快速发展为契机,面向国内重大需求“高标准”加快推進基因库二期建设、“高质量”推进基因库运营管理、“高站位”谋划基因库国际合作,推动基因库成为全球持续领先的生物资源平台

從现状看,由于基因检测处于快速发展周期中无论是基础研究、临床应用还是大数据建设,机遇无处不在变化也无处不在,所以也充滿诸多不确定性因素;无论上中下游都无法高枕无忧,因为前进就意味着变革变革就意味着风险;但是,风险也意味着巨大的机遇茬生命科技时代来临时,作为解决生老病死最有效的工具基因检测的应用前景展现出无比巨大的想象空间。当前技术的发展步伐一定程喥上制约了市场的规模而且从基础研究、基因检测到基因治疗整个基因科技的产业链,大多数还处于局部应用和临床试验阶段没有出現大规模的效益,正处于积累量变转化质变在变革中孕育的爆发点很可能已经临近。基因科技一旦爆发就会如同互联网席卷生活的方方面面一样,也会席卷医疗和健康的方方面面基因检测行业就处于眼前的红海和未来的蓝海之间。

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参考资料

 

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