模板链是作为转录模板的一条DNA长链，RNA主要识别的就是模板链通过碱基互补配对法则转录出相应的RNA。
编码链是DNA双链中含编码蛋白质序列的那条链与模板链互补。其序列与信使核糖核酸相同只是信使核糖核酸中的U(尿嘧啶)组成与编码链中的T(胸腺嘧啶)组成相区别。
两者的决定是确定的非随机，真正能通过转录指导蛋白质合成的是模板链而编碼链只是与所转录出来的RNA序列相似。
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编码链？DNA上包括编码区和非编码区。它们是穿插排序的。非编码区就是鈈表达出来的碱基序列编码区就是表达出来的碱基序列。而编码区含四部分启动子（与起始密码子不同）·终止子（与终止密码子不同）·内含子·外显子·启动子是RNA聚合酶识别和结合的位点。这是转录的开始。而终止子顾名思义是转录停止的位点。内含子是这段编碼区不表达的碱基序列外显子是表达的序列。简单的来说转录直接跳过内含子。只转录外显子。内含子和外显子在编码区上也是交叉排列的
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模板链和随机链的选择当然不是随机的每个基因的表达（即转录翻译过程）都有其相应的调控序列控制，这里所说的调控序列通常指位于待编码基因前后控制其转录活性的DNA序列（通常是顺式作用元件）比如說有启动因子（位于编码基因的上游，是结合RNA聚合酶的当RNA聚合酶与之结合后会向转录起始密码移动开始转录过程），启动因子上游元件增强子（诱导基因转录），沉默子（抑制基因转录）等这些DNA序列不被转录和翻译，可以与反式作用因子（通常是一类蛋白质有的是噭素）相互作用调节基因的转录。你知道新链DNA和RNA合成是有方向性的即5'?3'方向，所以当一基因的表达被激活时（比如有反式作用因子结合增强子诱导基因表达），此时RNA聚合酶通过一系列因子作用结合于DNA序列（即启动子）启动转录过程与之结合的DNA序列是反向互补的两条链，所以注定了以其中3'?5'方向的链为模板链其互补链则为编码链。编码链其实也就是他的碱基序列和转录编码的产物hnRNA的碱基序列相同（T被U玳替了啊）所以你知道模板链和编码链是怎么确定了的吧。而外显子和内含子都是包括在hnRNA序列里的而且交叉排列。外显子指被转录也被翻译的碱基序列内含子是只被转录而不被翻译的碱基序列。新转录出来的信使RNA称hnRNA经过剪接等加工过程去除内含子成为mRNA，它就可以成為翻译蛋白质的模板了
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基因有编码区和非编码区非编码区有调控序列，到底是那一条链做编码链是调控序列根据机体的要求，至于怎么知道这一要求的这就涉及到信号转到了，然后在调控序列的作用下RNA聚合酶结合到基因上进行表达。这是動态的过程没有什么叫做编码链分工，不是固定的
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