ovito没有渲染图元标签怎么办?

1、和实际输出为图片的可能有所鈈同此时可在窗口中点左上方的标题栏,出现视图窗口选择RenderPreview选项,预览图像还可以选择摄像头按特定的视角输出。Tachyonrenderer:超光速渲染图え器基于光线追踪渲染图元器可以用周围的封闭光线来渲染图元场景。参数:Antialiasingsamles:抗失真采样数Tachyon光线追踪器可以进行“超级采样”,计算每个输出像素的多条光线Directlight:按一定角度照射平行光。Shadows:头影当前版本的Tachyon,在Ambientocclusionshading时不能关掉阴影,此时可以关掉光源Ambientocclusion:模拟各个方姠的散射光,就像室外的阴天Samlecount:采样数:Ambientocclusion采用的是蒙特卡罗方法,更高的采样数导致更均匀的明暗但计算时间更长。保存为图片和动畫二者均可在渲染图元(Render)标签下完成帧数与格式并没有直接的关系,可以选多帧输出多个图片也可以选一帧输出动画。决定输出动畫还是图片的是保存的格式。点Renderoutut下的Choose弹出对话框。选择ng或jeg输出图片格式选择avi等则输出动画。确定格式和名

2、默认为Arrowwidth:箭头线的直徑。Reversearrowdirection:反转箭头的头尾方向Flivectors:将箭头栓在粒子所在的位置。Arrowcolor:箭头颜色ovito目前只支持用统一的颜色显示箭头。渲染图元标签Render在修正通道仩方的标签栏中选择标签,可以进行图像和动画的输出Rendersettings渲染图元设置此面板可以调整输出图像的参数,如resolution分辨率和背景颜色设置好後,点RenderActiveViewort按钮即开始渲染图元。会弹出一个新的窗口显示进程。有两种渲染图元引擎默认为硬件加速的OenGLrenderer,实时显示用的就是它因此咜是很快的,并且产生的图像就是你所看到的另一种为软件加速的光学追踪引擎Tachyonrenderer,它支持阴影和周围环境遮蔽的效果它的缺点是用时較长。制作动画先在RenderSettings面板中选择Comleteanimation再设置文件名和格式。ovito内置程序可以合成avi和meg格式的动画你也可以输出单独的图片,再自己合成为动画播放速度可以去动画工具条中点开,在AnimationSettings对话框中选择调整视图在窗口中看到的。

3、lacements:输出方格形变之外的非仿射部分它是用方格对形变张量进行最小二乘拟合后的残差(余项),也就是Falk和Langer的Dmin属性如果不需要可不选以节省时间。Selectinvalidarticles:勾选时可挑选出无效粒子(因截断半径内的邻居粒子太少)。Fixedreferenceconfiguration:该项是默认勾选的采用参考文件中选中的动画帧作为参考构型。Relativetocurrentframe:若勾选则将采用一个可变的参考构型來计算形变矢量。可以计算形变矢量的增量frameoffset(帧偏置)控制参考帧和当前帧的时间差,可正可负若为负,则参考帧先与当前帧注意,当参考帧为负或者超出范围时将不计算形变矢量。②Binandreduce收集和约化:将粒子收集到某个空间“箱子”中对箱中的粒子进行约化(简化)操作,比如对箱中的属性值求和、平均或求最大、最小值。箱子的收集方向与模拟盒子的轴平行可以是一维的也可以是二维的。Proerty:偠进行操作的属性Reductionoeration:约化操作的类型,如sum求和、mean平均、min最小、max最大还有一个sumdividedbybinvol。

4、ume对第一个求和,然后除以各自的bin体积该选项可用於计算由单原子virial得到的每种箱子的压强(ressure)或压力(stress)。Binningdirection:bin的准线(就像圆柱体的“准线”)注意选择单个矢量给出一维的bin网格,bin的准線将垂直于所选的矢量选择两个矢量给出二维bin网格,bin准线垂直于这两个矢量(也就是平行于第三个矢量)Comutefirstderivative:用有限差分近似方法对bin数據的一阶微分进行数值计算。该计算只对一维bin网格进行它可以用来计算速度分布的微分,得到切变速率Numberofsatialbins:两个方向上的箱子数目。Fixroertyaxisrange:③Bondangleanalysis键角分析:④Constructsurfacemesh创建表面网格:Surfacemeshdislay:由ConstructSurfacemesh修正步骤产生⑤Dislacementvectors位移矢量:计算两个不同构型间粒子的位移矢量。修正通道的输入文件(默认)设為当前current构型(变形后的)参考reference构型(初始的)由修正器从另外的文件导入。从当前构

5、nlyselectedarticles:未选择的粒子视为不存在。?WignerSeitzdefectanalysisWS缺陷分析:显礻板块Dislay显示对象将影响数据的渲染图元Dislay板块列出了当前激活的对象。粒子由Particledislayobject渲染图元它显示了控制粒子外观的各个参数。另外还有┅些单独的显示对象,例如当通道中添加了一个修正步骤你会发现Dislay板块下出现了额外的入口(entries),它们表示其他的可以调整的可视化元素如键、位移矢量。去掉勾可以关闭单个的显示。显示设置shadingmode:明暗Normal为三维阴影,flat为二维阴影Renderingquality:Low最快,粒子没有深度;Medium粒子有深度密集原子间光线的相互影响也能计算;这两个只显示面向观察者的一面。High显示真实的球形计算每个像素中光线与球之间的相互影响。Automatic茬viewort时根据粒子数目自动选择,少于,个粒子用high;多于,个用low。在最后输出图片时不论粒子数多少,均为high模式Shae:球形和立方,若选了flat則分别变为圆形和方形。Defaultarticleradius:设置

8、dcoordinates:假定坐标是未缠绕的(unwraed)。该选项只对周期性边界条件有影响如果勾选,则认为两构型的坐标都昰未缠绕的如果不选,则会对那些越过了周期性边界的粒子作处理将它们折算到最小周期内。Fixedreferenceconfiguration:如果勾选则参考文件中选中的动画幀将作为修正参考(fixedreference),用于位移矢量的计算这是默认模式。Relativetocurrentframe:若勾选则将采用一个可变的参考构型来计算形变矢量。可以计算形变矢量的增量frameoffset(帧偏置)控制参考帧和当前帧的时间差,可正可负若为负,则参考帧先与当前帧注意,当参考帧为负或者超出范围时将不计算形变矢量。⑥Centrosymmetryarameter中心对称参数:该修正计算每个粒子的中心对称参数CSP见[Kelchner,Plimton,Hamilton,PhysRevB,,()]。在固体系统中CSP是测量单个原子周围局部无序状态的囿效手段,可以用于辨认原子是处于理想晶格当中还是处于缺陷当中(例如错位dislocation或者断层stackingfault),抑或是处于表面ovito计算CS。

9、子尺寸只有當粒子没有半径属性并且单个粒子类型的半径未被指定时才可用。①盒子的显示:点Simulationcell下方出现其属性栏,去掉Rendercell的勾则渲染图元时主窗ロ不显示外围的框形线,此时其他窗口仍显示外框线;若直接去掉Simulationcell前的勾则全都不显示。②粒子的显示:点Particles下方出现Particledislay的栏目。Shading为明暗模式有普通Normal(三维)、平面Flat两种。Renderingquality为渲染图元质量可选低Low、中Medium、***igh和自动Automatic四档(自动与中差不多?)Shae有球形Sherical和方形SquareFlat和Square的区别在于,Flat昰把面向观察者的表面抹平球形变为圆片,方形变为方片;Square则是立体的方块不因视角的改变而变。该显示对象负责将矢量显示为箭头形标示比如由Dislacementvectors修正得到的位移矢量。Shadingmode:阴影模式Normal为三维,Flat为二维箭头Renderingquality:采用OenGL渲染图元方法来显示箭头。Scalingfactor:标定因子控制箭头的长喥。

10、后自动打勾。①输出图片:先在窗口下方的工具条中选好要渲染图元的单帧Frame再选择要输出的窗口(主窗口),当边框为***时說明已选中可以同时预览多个窗口,彼此并不冲突选好后,在Renderingrange中选择SingleframeOtions中背景默认为白色。确认文件格式和名称后最后点RenderActiveViewort,即完成渲染图元关闭窗口,去文件夹目录下查看生成的图片②输出动画:选择全部帧Comleteanimation或者指定帧Rangeto。选择主窗口文件格式和名称,最后RenderActiveViewort等待渲染图元。输出前可以利用工具条预览动画效果输出一帧输出多帧最后点文件名称和格式,决定输出的是图片还是动画叠层标签和监視程序标签坐标轴、颜色条等均视为粒子和盒子之外的“叠层”点击标签Overlays。①坐标轴:点Addoverlay→Coordinatetriod即添加三坐标轴图标。点中下方出现属性栏。Coordinatetriod中更改OffsetX可以对三坐标整体进行水平移动;Coordinateaxe中可以更改三个坐标轴的颜色、方向还可以添加第四条轴。②颜色条:点Addoverlay→Colorle

11、P的算法吔用在lamms中。计算CSP时需要给定邻居数目。这与要处理的晶格类型有关若是fcc或bcc,则应分别设为和更一般的情况下,该参数可设为正的偶數如果原子处于理想晶格的格点上,那么其CSP为受到小的热力学扰动时,它比大一点当缺陷的对称性被破坏,或者原子处于表面时咜则变为一个很大的正数。注意此修正需要访问所有粒子因此应该放在处理通道的开头,或者任何删除操作之前⑦Clusteranalysis团簇分析:此修正將粒子体系分成不相连的几个部分,每个粒子都将获得一个团簇编号(ID)输入:输出:一个团簇定义为这样一簇粒子,其中各个粒子都處于一个或者多个(其他)粒子的截断距离之内如果一个粒子(截断距离之内)没有邻居,那么它就是一个“单粒子团簇”该修正将汾组的结果写入Cluster属性中,它记录了每个粒子所属的团簇的编号该值在~N之间,N为团簇数目Cutoffradius:判断两粒子是否处于一个团簇内的邻近距离,超过它则视为不邻近⑧Commonneighboranalysis共近邻分析:ThisanalysismodifiererformstheCommonNeighborAnalysis(CNA)[Honeycutta

12、中减去初始构型,得到每个粒子的位移矢量算得的矢量保存在Dislacement属性中,并且可以选择显示为箭头也可以用Colorcoding修正观察其幅值。选择包含初始构型(坐标)的文件注意此文件应该包含于当前文件相同的粒子集,因此在使用此修正湔不允许删除粒子通常此修正应置于处理通道(修正通道)的开头。为了计算位移矢量修正器将去参考构型中寻找相应的粒子。如果粒子已有独特的ID修正器将使用此信息当前构型的粒子映射到参考构型中;如果没有,修正器会假定粒子在两构型中按照相同的顺序存储计算得到的矢量保存为Dislacement属性。该矢量与一个(附加的)显示对象dislayobject相关联可以将该矢量渲染图元为箭头。默认不激活该显示对象你要先在修正通道中激活才能显示。该矢量的外观通过vectordislayobject来控制(参加后面显示板块)Eliminatehomogeneouscelldeformation:消除模拟单元的均匀形变。先对当前模拟单元(包括所有粒子)进行重标使之与参考构型相匹配,再计算位移矢量这可以有效消除模拟单元宏观的、均匀的形变,从而使计算出的矢量只反映模拟单元内部的、微观的粒子形变Assumeunwra

参考资料

 

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