PCA分析的图看不懂 找高手来解释下 - 实验交流 - 生物秀
标题: PCA分析的图看不懂 找高手来解释下
摘要: [PCA分析的图看不懂 找高手来解释下] 这个图看不懂 PC1（8 9%）是第一主成分，PC2（8 5%）为第二主成分，谁能详细解释下这2个百分数的含义。附原文：The first two principal components explain 17 4% of variance
关键词:[细菌群落 因子 抗生素 变异 主成分分析 菌落 因子对]……
这个图看不懂 PC1（8.9%）是第一主成分，PC2（8.5%）为第二主成分，谁能详细解释下这2个百分数的含义。
附原文：The first two principal components explain 17.4% of variance.
回复顶上去 没人知道么回复共同学习，个人认为是这样的。
主成分分析是将所有影响因子分开，通过分析，得到不同影响因子对产生变异量（差异）的贡献率。PC1指贡献率上排名第一的贡献率，是对变异量影响最大的一个因子，8.9%的贡献率，PC2就是排名第二的因子的贡献率是8.5%。
个人认为这个贡献率不是很高，一般我看了几篇文献，有的前2个主成分可以占到80%以上的贡献率。
纯属个人见解，欢迎高手指点！回复那说明，你的前两个主成分贡献率不够啊，你分析的时候，肯定是人为确定了2个因子。实际上仅仅2个主成分是无法反应你这些变量的。如果你不人为指定2个主成分，我估计你这个至少得有10个左右才能达到80%回复关注，一直不明白PCA图能给我们什么信息回复这两个PC轴的解释量也太少了吧，这样低的解释量对问题好像不会有实质性的解释啊。不明白这个文章是怎么发表的回复
这两个PC轴的解释量也太少了吧，这样低的解释量对问题好像不会有实质性的解释啊。不明白这个文章是怎么发表的 又看了一下楼主附的图片，估计原文是想说施用(antibiotic)后这几个细菌群落的结构或特性有所不同，在PC轴上产生分异，从而能明显区别这几种细菌群落。但我看好像也没有区分开啊，还是混杂在一起啊。这么低的解释量很难能把几种菌落很好的分开。回复
又看了一下楼主附的图片，估计原文是想说施用(antibiotic)后这几个细菌群落的结构或特性有所不同，在PC轴上产生分异，从而能明显区别这几种细菌群落。但我看好像也没有区分开啊，还是混杂在一起啊。这么低的解释量很难能 ... 我和你的疑问相同回复
我和你的疑问相同... 呵呵，又看了一下杂志，plos one，所以这样的疑问也就。。。回复
呵呵，又看了一下杂志，plos one，所以这样的疑问也就。。。... 管他什么杂志 你做的PCA这么低的贡献率 肯定要有个说法啊 想不通
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