Trace2PS and FSA2PS: two software toolkits for converting trace and fsa files to PostScript format[Source Code Biol Med]Krawczyk, J. Goesmann, A. Nolte, R. Werber, M. Weisshaar, B.
BACKGROUND: Due to the advanced techniques in sequencing and fragment analysis, DNA sequencers and analyzers produce vast amounts of data within short time. To administrate the large data volume conveniently, efficient data management systems are used in order to process and to store sequencers' or analyzers' data outcome. The inclusion of graphical reports in such systems is necessary to achieve a comprehensive view of the integrated data. However, the resulting data of sequencing and fragment analysis runs are stored in a proprietary format, the so-called trace or fsa format, which is only readable by programs provided by the instrument's vendor operating on the machine itself or by commercial tools designed for editing the respective data. To allow for a quick conversion of the proprietary data format into a commonly used one, toolkits are required that reach this aim and can be easily integrated into workflow systems. RESULTS: We have developed the software toolkits Trace2PS and Fsa2PS which allow to convert sequence and fragment analysis raw data files to PostScript images, respectively. The toolkits are implemented as Perl modules that can be used as standalone command line applications in conjunction with a script-based analysis pipeline, or integrated in software applications for displaying the data content of trace and fsa files. The converter modules support the commonly used file formats for storage of sequencing (ABI and SCF) and fragment analysis data (FSA). CONCLUSION: The software toolkits provide useful applications to convert sequencing and fragment analysis files from a proprietary into a more common, human-readable format. Trace2PS and FSA2PS are useful and capable in data management workflow systems like SAMS, or laboratory information systems that are used for displaying trace and fragment analysis results via web-based tools over an intranet or internet connection to users that can view their results directly on the screen. Toolkits homepage: http://www.cebitec.uni-bielefeld.de/brf/trace2ps/trace2ps.html
Trace2PS和FSA2PS：用于转换峰图和fsa文件为PostScript格式的两个软件工具包
背景：由于测序和片段分析中的先进技术，DNA测序仪和分析仪在短时间内就产生了大量的数据。为了方便的管理巨大的数据量，高效的数据管理系统被使用，以便处理和存储测序仪或分析仪的数据结果。在这些系统中，需要包含图形化报告以获得整合数据的一个全面的查看。但是，结果数据仅仅可通过由设备供应商提供的在机器本身运行的程序或通过为编辑各自的数据而设计的商业工具进行阅读。为了允许私有数据格式到一个常用的格式间的一个快速转换，需要满足这个目的并能够容易地整合到流程系统中的工具包。结果：我们开发了软件工具包Trace2PS和Fsa2PS，它们分别允许将序列和片段分析原始数据文件转变为PostScript图像。该工具包被实现为Perl模块，它能够与一个基于脚本的分析流程一起被用作独立的命令行程序，或整合到软件应用程序中用来显示峰图和fsa文件的数据内容。该转换器模块支持用于测序(ABI和SCF)和片段分析数据(FSA)存储的常用文件格式。结论：该软件工具包提供了有用的应用程序将测序和片段分析文件从一个私有的格式转换为一个更常用，人类可阅读的格式。Trace2PS和FSA2PS是有用且能够胜任数据管理流程系统，如SAMS，或实验室信息系统，被用来展示峰图和片段分析结果，通过基于网络的工具，经一个内部网或互联网连接到用户，能够直接在屏幕上查看他们的结果。工具包主页http://www.cebitec.uni-bielefeld.de/brf/trace2ps/trace2ps.html。
1, Advanced sequencing technologies and their wider impact in microbiology []2, Development of EST-derived microsatellite markers for Arabidopsis lyrata subspecies petraea (L.) [10.1111/j.06.01656.x]3, A standard file format for data from DNA sequencing instruments []4, Applied Biosystems Genetic Analysis Data Format-ABIF File Format Specification and Sample File Schema [/support/software_community/ABIF_File_Format.pdf]5, Comprehensive Perl Archive Network (CPAN) [http://www.cpan.org]6, Standard Dye Sets for Genotyping Applications [http://www.uri.edu/research/gsc/docs/ABI]7, The Sequence Analysis and Management System -- SAMS-2.0: data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologies []
下载次数：0
超级管理员
词条创建者
编辑次数: 1次我的位置：
《街头篮球》总决赛圆满落幕
红队导师登顶巅峰
《街头篮球》总决赛圆满落幕
红队导师登顶巅峰
时间： 15:54:47 |
来源：官方 |
作者：官方 |
　　经过两天的残酷激烈的比赛，2015年《》全国超级联赛总决赛在上海游戏馆完美落下帷幕。最终在3V3比赛中，红队导师勇夺桂冠，2V2冠军被低调的广州队，恭喜他们！在最的时刻，天游CEO王佶、运营总裁李侑家和韩国JCE的CTO为他们颁发了奖励。
　　红队导师胜利拥抱 　　同时，3V3亚军上海队和季军成都队，2V2组的亚军长沙队和季军杭州队均表现不俗，今年参赛队伍实力都非常强劲，都打出了超高水准的竞技比赛，带给现场观众无数回味无穷的精彩瞬间。在为冠军队伍喝彩的时候，也让我们向他们致敬。
　　3V3以及2V2冠军接受加冕 　　【 十年街篮九年联赛 激情依旧】 　　《街头篮球》已经走过了10个年头，今年的全国超级联赛总决赛的比赛充满悬念与刺激，在经过红蓝阵营12轮大战，四强车轮战，最后的半决赛更是决赛的提前预演，总冠军之争更是充满悬念，现场观众的心情也随着比赛一起跌宕起伏，不到最后一刻永远不知道胜利属于谁，竞技游戏的超凡魅力得到了深刻的体现。
　　选手全神贯注比赛中 　　【最强导师诞生 红队导师终登顶】 　　红队导师与上海队在总冠军的争夺战是全场关注的焦点，首场红队导师依靠稳定的发挥轻松取胜，第二场则分数咬得很紧，双方依靠几个三分球你追我赶，一直处于胶着状态，在落后2分比赛只剩2秒钟的情况下绝对值站出来了，依靠三分球绝杀对手，取得了赛点。接下来的这一场比赛关系到冠军归属，对于上海队来说压力非常大，第三盘中绝对值又站了出来关键时刻2个三分彻底击溃了上海队，全场观众掌声久久不息。 本次总决赛中红队导师发挥十分出色，虽然未能带领红队在阵营战中胜出，但最终还是夺得了总决赛冠军，荣耀全场，实质名归。
　　真妹妹在比赛中 　　2V2决赛中，真妹妹所在的武汉队未能延续之前的良好状态，被低调的广州队以3:0击败，广州队的夺冠之路相当坎坷，他们在首轮即被长沙队击败，复活之后中再次遇到了长沙队，终于报了一箭之仇。 　　【现场互动充满热情 篮球闪耀全场】
　　篮球女神性感热舞 　　《街头篮球》全国超级联赛总决赛不仅是一场竞技盛宴，期间更有酷炫灯光秀和篮球宝贝表演，今年的篮球女神更是在现场吸晴。篮球女神们在决赛现场劲歌热舞，好不热闹，在互动活动中，篮球女神也将各项超值奖品送给了现场的观众，其中包括技嘉金牌主板、李宁T-SHIRT、《街头篮球》极品虚拟道具等，比赛现场也有许多玩家冒着大雨专程从外地过来，令人十分感动。
　　篮球宝贝合影 　　篮球女神的评选将会在下周揭晓，相信大家一定对谁能成为篮球女神相当期待，友谊第一，比赛第二，相信在这一次篮球宝贝评选中她们一定成为了很好的朋友，期待有更多的女玩家能够闪耀在《街头篮球》的舞台上面。 　　【总决赛圆满落幕 新征程即将起航】 　　2015年《街头篮球》超级联赛总决赛已落下帷幕，但这仅仅是个开始，接下来将会是国际大师赛的挑战，抗韩之路任重而道远。感谢所有参加今年联赛的选手们，感谢现场观众以及所有关注超级联赛的FSer们！ 　　明年《街头篮球》全国超级联赛会更加精彩，为了让所有玩家能够感受到顶级的竞技感官体验，为了所有热爱和支持《街头篮球》的FSER，天游将打造规模更大的电子竞技赛事，加入更多新元素！ 飞翔吧！青春！我们明年《街头篮球》全国超级联赛不见不散！ 　　《街头篮球》总决赛专题： 　　《街头篮球》官方微博： 　　《街头篮球》官方微信：fsjoy2013
多玩游戏访
本期热游TOP榜中，25款入榜游戏总指数为608790，对比上期整体下降了2.1%。在非...
畅游旗下的角色扮演游戏《刀剑英雄》12年最大更新资料片“羽传说”（11月11日）震撼公测...
(window.slotbydup=window.slotbydup || []).push({
id: '2915753',
container: s,
size: '300,250',
display: 'inlay-fix'
如果你对我们的内容有什么好的建议和想法，或者你是游戏厂商需要合作，都非常欢迎大家给我们发消息联系。
(window.slotbydup=window.slotbydup || []).push({
id: '2915756',
container: s,
size: '300,250',
display: 'inlay-fix'