口袋妖怪永恒之沫在你成功挑战完一次精灵联盟后，就能进入了。二周目主要就是完成剧情，并捕捉创世神。一共有5个剧情： 1. 烟突山打败赤岩松； 2. 琉璃岛入口向上潜水打败水梧桐； 3. 到大挑战地区用皮皮鲸水壶浇下方的胡说树，向下冲浪到工匠之洞穴完成父与子剧情； 4. 到送神火山顶的白色墓碑进入打败板木，再到琉璃岛的觉醒寺完成赤木剧情； 5. 到103号路的变化洞穴里拿金刚石，玉石，光明黑暗量石，可在觉醒寺捉时间空间二神。口袋妖怪漆黑的魅影里是没有小卡比兽的，但在彩幽市的冠军之路里有野生的卡比兽，40级左右。