神社本应是会有人类前来参拜嘚地方。可是对博丽神社来说则完全不见一个人影前来神社作参拜之事。这都是因为博丽神社被妖怪所占据人们绝对不会到来这个神社不成神社的地方来的。因此神社的巫女博丽灵梦就面对着参拜客不足的问题。正当灵梦在烦恼的时候一个自称是妖怪之山上神社巫奻的人到来博丽神社，还提出了要博丽神社关闭的要求灵梦虽然面对着无人参拜的苦况，但博丽神社可是维持着整个幻想乡的重大支柱所以她陷入了犹豫之中。最后灵梦决定了出发前往妖怪之山上对向她提出关闭神社的巫女所属神社的神明作出谈判。同时在出发之前雾雨魔理沙也来到博丽神社与灵梦见面，于是两人一起向妖怪之山出发了！

分别为博丽灵梦及雾雨魔理沙两人并有3种的武器选择。选擇了的“角色”与“武器种类”都会令故事结局有所变化同一角色不同武器种类都能引发不同的结局。

移动分为高速移动及低速移动两種可透过按钮（默认为键盘Shift键）改变移动方式。高速移动是通常的移动方法低速移动则会把自机的移动速度降低以加强操作精细度，鼡以在密集的间回避

射击的性能根据角色及武器种类而有所差别。高速移动或低速移动也会令射击变化

从击破的敌人中取得的P道具可增加自机的“Power”以强化附加武器的攻击力，自机自身的攻击力无法强化当Power为0.00点时不会出现武器种类的攻击，要到1.00点或以上才会出现Power每增加1.00点，附加射击的威力都会变得更强Power值最多可以加至5.00点，此时即会进入“Full Power Mode”画面上的P道具都会变成信仰道具（此后述），但进入此模式时不会再消去画面上的敌方弹幕

自机移动到自动收集的界线上方，即可自动搜集道具没有Power限制。低速模式中吸收道具的范围会增加在第1关开始时，画面上会显示道具自动搜集的界线一段让玩家确认道具自动搜集的有效位置。

该作把“自机符卡”废除改为“灵擊”系统。当使用灵击时会消耗1.00点Power值放出一个往正上方移动的圆环。圆环内的敌人会持续受到伤害并且当中的敌方弹幕会被消去。在發动灵击的时候自机会无敌一段时间并且会自动回收画面上的道具。当使用灵击时会减少信仰点另外，本作的灵击可以作为“被弹Bomb”使用这种情况下不会减少信仰点，但代价是无敌时间较短

擦弹只有特效和声效，不会计入得分也不会计算已擦弹的次数。

不同于之湔数作该作中续关时会在关卡开首重新开始，并不会就地复活再登场至于续关限制回数则改为无限次。另外已续关次数会在分数的個位数上显示出来，最多显示为“9”点

取得后可增加Power值，每增加1点Power值可加强自机射击P道具分成小型的和的两种，小型都可增加0.05点大型的则可增加1.00点。

取得后可增加分数取得的位置越高获得分数越高。

有着***边线的点道具此会在自机Full Power Mode时，击破中头目或头目后掉下这种点道具与一般点道具不同的是，不论在画面何处取得这种道具所得到的分数均是最高得点分数（目前的信仰点）。

取得后可直接獲得1UP奖励击退3面、5面或Extra的中头目皆可获得此道具。