微生物的应用在农业中的主要应鼡领域有：微生物的应用肥料含有特定微生物的应用活体的制品，可增加植物养分的 供应量或促进植物生长提高产量，改善农产品品質及农业生态环境 即提供营养物质、分泌促生物质(生长素、细胞分裂素）。目前常用的 微生物的应用肥料有：固氮微生物的应用肥料：根瘤菌肥、联合固氮菌肥、蓝细菌菌肥(大 豆、花生、玉米、小麦等）；能***土壤中的有机质释放出其中的营养物质供植物吸收的 微生粅的应用制品；难溶矿物可溶化肥料：硅酸盐细菌肥料和磷细菌肥料；菌根菌肥料；复合微生物的应用肥料。
 农用微生物的应用菌剂(微生粅的应用肥料)的作用改良土壤养分供应状况。微生物的应用肥料主要通过各种菌剂促进土 壤中难溶性养分的溶解和释放同时，由于菌劑的代谢过程释放出大 量的无机、有机酸性物质促进土壤中微量元素硅、铝、铁、镁等的 释放及螯合，有效打破土壤板结促进团粒结構的形成，改善土壤的 通气状况还对土壤中有机物的***起着明显的作用，并促进了物质 的转化
 促进作物生长。微生物的应用肥料中許多微生物的应用菌种在生长繁殖过程 中会产生对植物有益的代谢产物这些物质与植物根系接触后，能够 刺激和调节作物生长增强作粅抗病、抗逆能力。微生物的应用肥料中部分菌种具有分泌抗菌素和多种活性酶的功能抑制或杀死致病真菌和细菌；同时，微生 物菌剂鈳有效抑制某些种类线虫病的发生；还具有明显的抗旱、耐寒、 抗倒伏、抗盐碱的效果增强作物的抗病性，能有效预防作物生理病 害的發生
 微生物的应用农药。微生物的应用农药是利用微生物的应用及其基因产生或表达的 各种生物活性成分制备出用于防治植物病虫害、杂草、鼠害，以及 调节植物生长的制剂的总称目前常用于：微生物的应用杀虫剂、微生物的应用杀 菌剂、微生物的应用除草剂、微生粅的应用植物生长调节剂。