主角工藤新一原本是一位颇具名聲的高中生侦探在目击黑衣组织的地下交易后，准备追踪时却被黑衣人琴酒袭昏并被灌下代号为“APTX4869”（アポトキシン4869）的不明药物。後来虽然幸免于死但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南在好友阿笠博士的建议下，寄住在青梅竹马毛利兰的父亲－别脚侦探毛利小五郎家中继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道希望能够恢复原来新一的样貌。与此哃时柯南凭著自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节