在幻影忍者们齐心协力击退飞天海盗之后忍者世界恢复到往日的和平。忍者们认真地进行日常训练但大地忍者——寇，似乎有什么心事困扰着他寇在过去的战役当Φ，被邪恶的杨大师变成了幽灵原本他还以为自己已渐渐习惯幽灵形态，但他却惊觉自己有可能随时会消失不见仿佛不曾存在过一样。就在这个时候他又听到了杨大师的呼唤，发现杨大师正在进行一个阴谋企图将过去曾被忍者们打倒的强大魔头们全都召唤回忍者世堺！面对多个过去的死敌同时袭来，幻影忍者们能招架得住吗而寇是否能够渡过这次的难关，继续存在于这个世上呢