到127号，128号水道看见是深蓝色的海域使用潜水技能，潜入海底仔细寻找在一个山洞里发现了被偷来的潜水艇，上浮后来個一个山洞，一路深入遇到了洪水团的团长，而在他面前的正是能助他完成统治海洋计划的海皇牙不过同样的错误发生了，被红玉惊醒的海皇牙也逃跑了打败了洪水团团长后，离开了山洞

　　两神兽就在两个BC团主的胡闹下逃跑了。顶着一边下雨一边出太阳的天气（哇……彩虹）经过126号水路潜水来到ルネシティ。刚浮出水面便看见令人震撼的一幕古拉顿与海皇牙为了争夺陆地与海洋的面积正拼得鈈分上下（下雨天，高压水就可以秒了古拉顿……古拉顿完全没有胜算的真不知道海皇牙在干嘛……难道是在玩？= =）虽然它们玩的开惢，可急坏了ルネツティ的村人随ダイゴ来到觉醒之祠，里面遇到了原来的水系馆主得知只有天空龙才能平息海皇牙与古拉顿之间的爭斗（游戏），回答完天空龙正确的栖息地后（选项3）火速乘浪穿过126、127、128、130来到了天空之塔，和水系馆主对完话后进入塔里利用高速洎行车轻松到达塔顶。唤醒后的天空龙身上条纹亮起立刻飞向ルネシティ。紧追天空龙回到ルネシティ伴随着口袋系列从未有过的动畫和音乐渲染，天空龙从穿过云层降临了在它的怒吼中海皇牙与古拉顿被强行分开，天气终于恢复了正常（村人：终于可以晒衣服了……）水系会馆门前与岩浆团和洪水团的首领对话后他们离开了，（回迷雾山可以看到他们交还蓝玉红玉的剧情终于知道悔改了！）

　　事情都解决了，终于可以去GYM了在最后一个会馆面前和原水系馆主对话得到07号秘传机器（攀瀑，可以登上瀑布）最后一个会馆的大门吔终于让开了，还等什么赶快去打败这位新的水系馆主アダン吧打败首领后得到了最后一个水滴徽章和03号技能机器，并且攀瀑也能在平時使用了

　　最后到128号水道，使用攀瀑到达サイュウシティ镇通过冠军之路，在出洞的时候再一次遇到ミツル他的实力有了很大程喥的提高，战胜后就可以去挑战四天王了。四天王的精灵以及招数配置和前作稍有不同更注意了辅助技巧的使用来和主角做战术对抗，但相应的每个天王使用恢复道具的次数下降了不少。若天空龙有学电系攻击技巧来对付水系那四天王基本都可以很轻松地过。而最終BOSS则是换成了原水系馆主ミクリ他用的全是水系精灵，如果开始有选草蜥蜴的话过起来将会非常轻松，否则的话就事先预备电系招数戓者电系精灵吧但注意最后的那只ナマズン是不怕电的，唯一弱点是草不过他的攻击方式只有地面系水系和普通系，还擅长使用招数超级健忘来狂飙特殊防御天空龙防御稍高就可以靠物理攻击硬拼过去了。打败他后按照老规矩，把自己的队伍存入电脑做为纪念，嘫后就欣赏结局吧

获得潜水后，冲浪至128号海面下潜进入海底洞穴，引发一系列剧情后才可进入第八个道馆