001 云霄飞车杀人事件 (黑衣组织—琴酒 、伏特加出场，工藤新一喝下APTX4869变小。大幕拉开，柯南登场)
002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南）
013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场）
043 江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048 外交官杀人事件（上集）
049 外交官杀人事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
057 福尔摩斯迷杀人事件（上集）
058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道身份)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场）
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系)
170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出医生登场）
171 黑暗之中的死角 （下集）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇） （宫野志保第一次恢复）
178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 性命交关的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活_负伤的名侦探
190 危命的复活_第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活_黑衣骑士
192 危命的复活_新一回来了
193 危命的复活_约定的场所
226 格斗游戏的陷阱（上集） （朱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）
231 谜一样的乘客（下集）
242 元太的灾难（提到GIN是左撇子)
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布莱克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集）
272 急忙掩饰的忽略（下集） （灰原被怀疑，形势危急）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
279 迷宫的阴暗（上集）
280 迷宫的阴暗（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇） （知道克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道赤井秀一是FBI。）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。)
330金钱买不到的友情（下集）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘密（后篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光）
346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后）
347 寻找P股上的印记（后篇）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）
374 星星和香烟的暗号（前篇）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打***的按键音和贝尔摩的给Boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向）
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看）
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈CIA身份遭到组织怀疑）
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知FBI有人死了之后想：没问题。这也成为赤井秀一没有死的疑似证据之一）
509 红白***与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
511 推理对决！新一VS冲矢昴
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（最前面一部分，交代上一集的结果）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原）
564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似赤井秀一的人登场) 柯南主线人物
578 召唤危机的红色预兆
579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井秀一身份再次遭人怀疑）
580 紧迫黑色的时限（水无怜奈被gin怀疑没有杀掉赤井秀一，准备杀掉水无，并对赤井秀一进行狙击。但事实上是波本假扮的赤井秀一，从贝尔摩得口中得知boss的命令后，波本与gin两人发生分歧）
581 红色的摇摆目标（水无怜奈被琴酒怀疑没有杀掉赤井秀一，琴酒准备让基安蒂对疑似赤井秀一的人进行狙击但并未成功)
710-711 迫近灰原秘密的身影
712-715 漆黑的特快列车(为抓sherry，黑衣组织在列车上设陷阱 知道波本真正身份：安室透)
717 解开谜题的波本
699-700 世良问小兰阿笠博士的车子颜色，假装在群马县与柯南偶遇，并试图让柯南通过她的手机与灰原哀联络，而步美等人困在被凶手纵火的小木屋中，灰原为了帮助大家逃生而服下APTX4869解药暂时恢复，世良对光彦拍下的视频中的宫野志保非常惊讶，另外此段视频也被安室透、冲矢昴通过网络看到。
黑衣组织得知宫野志保将乘坐神秘列车。贝尔摩德假扮成伤疤赤井潜入列车，确认雪莉已上车。灰原收到贝尔摩德发来的恐吓邮件后离开包厢，受到侵入其手机的冲矢昴“到我的领地来”的邀请，后被工藤有希子保护。世良遇见了“赤井秀一”，喊了他“秀哥”后被电晕，但被冲矢昴带回包厢。柯南揭穿怪盗基德身份后委托他假扮成宫野志保。贝尔摩德扔掉了有希子的变装工具，并引发排烟装置，安室透配合谎称车上发生火灾。柯南误导贝尔摩德以为组织计划进展顺利。“宫野志保”逃到列车尾部，安室对其揭晓自己的波本身份，确认之前的伤疤赤井是波本为了调查赤井生死而假扮，他也确认了赤井的死亡。安室将“宫野志保”逼入最后一节车厢，身后突然出现的无疤赤井扔出手榴弹，车厢脱离后贝尔摩德引爆了炸弹，怪盗基德乘滑翔翼逃离。列车停靠后贝尔摩德发现雪莉未死，但没有告诉其他组织成员。安室对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。
706 安室透发现柯南使用麻醉针的动作。贝尔摩德劝安室离开毛利，安室拒绝并称对“沉睡的小五郎”产生兴趣。
723 安室透救少年侦探团于险境，冲矢昴通过楼上的窗户目送他离开。
724-725 世良重提“神秘列车”上帽子丢失的事情，询问小兰有没有见到“伤疤赤井”。
727-728 兰在看着世良跑远的背影不由自主地说出“波浪”，并说“看着世良跑走的背影，耳边总会响起海浪涟漪的声音”。柯南悄悄问世良：“你和我在哪里见过吗？”但世良未正面回答，并想：“很抱歉，现在还不能告诉你，因为还没到时候……”
734 柯南告诉茱蒂伤疤赤井为波本假扮，拜托她调查安室未离开波洛咖啡厅的原因。波本窃听柯南和朱蒂的对话，称柯南为“可怕的男人”。
739 柯南通过与高木警官的对话发现神社事件中赏樱游客弁崎桐平和其“妻子”为波本和贝尔摩德假扮。
744-745 世良提到自己的二哥，世良与二哥似乎知晓柯南身份，二哥询问世良是否见到了“魔法师”。
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129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
170 黑暗之中的死角（前篇）
171 黑暗之中的死角（后篇）
226 战斗游戏的陷阱（前篇）
227 战斗游戏的陷阱（后篇）
258 来自芝加哥的男人（前篇）
259 来自芝加哥的男人（后篇）
345 与黑衣组织直面对决满月之夜的双重迷案
425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间
剧场版5 通往天国的倒数计时
001 云霄飞车杀人事件
049 外交官杀人事件（后篇）
162 飞机空中密室！工藤新一的首次的办案
190~193 危命的复活系列
219 被召集的名侦探 工藤新一 VS 怪盗基德
400 心存疑惑的小兰（回忆）
437 上户彩和新一 4年前的约定（回忆）
472 少年工藤新一的冒险（前篇） （少年）
473 少年工藤新一的冒险（后篇） （少年）
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决（中学）
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪
523 真正想问的事
616福尔摩斯的启示录（名侦探的弟子）
618福尔摩斯的启示录（撒旦）
OVA1 柯南VS基德VS阿剑！宝刀争夺大作战（做梦中变回原来的样子）
OVA2 16人的嫌疑犯（平次的幻觉；柯南和兰的回忆）
OVA8 女子高中生侦探铃木园子的事件簿（小兰的幻想）
OVA9 十年后的陌生人（变大之后的幻想）
OVA11 来自伦敦的绝密指令（去伦敦的飞机上）
鲁邦三世VS名侦探柯南（兰的幻想）
1997 引爆摩天楼 （远影）
1998 第十四个目标（远影&.回忆工藤新一）
1999 世纪末的魔术师 （错觉&.假扮）
2000 瞳孔中的暗杀者 （照片、远影&.回忆）
2001 通往天国的倒数计时 （远影）
2002 贝克街的亡灵 （兰的回忆）
2003 迷宫的十字路口 （回忆、变回来的&.远影）
2004 银翼的魔术师 （假扮&.远影）
2005 水平线上的阴谋 （回忆&.远影）
2006 侦探们的镇魂歌 （回忆、远影&照片）
2007 绀碧之棺 （兰的回忆）
2008 战栗的乐谱 （兰的回忆）
2009 漆黑的追迹者（兰的回忆&高木的回忆）
2010 天空中的遇难船 (拉掉头套的样子。其实是基德假扮。)
2011沉默的十五分钟（兰的推测）
带“★”且加粗的为特别篇，带“◆”表示动画原创
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件★
130 竞技场无差别胁迫事件（前篇）
131 竞技场无差别胁迫事件（后篇）
135 消失的凶器搜索事件◆
136 青色古堡探索事件（前篇）
137 青色古堡探索事件（后篇）
138 最后上映的杀人事件（前篇）
139 最后上映的杀人事件（后篇）
140 SOS！步美传达的讯息
146 本厅刑事恋爱物语（前篇）
147 本厅刑事恋爱物语（后篇）
156 本厅刑事恋爱物语2（前篇）
157 本厅刑事恋爱物语2（后篇）
( 出现集数：13)
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）
182 九道门大搜索◆
188 危命的复活 洞窟中的侦探团
189 危命的复活 负伤的名侦探
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 新一回来了
193 危命的复活 约定的场所
194 意味深长的八音盒（前篇）
205 本厅刑事恋爱物语3（前篇）
206 本厅刑事恋爱物语3（后篇）
212 蘑菇、熊和侦探队（前篇）
213 蘑菇、熊和侦探队（后篇）
（出现集数：16）
223 人鱼又再度哭泣（推理篇）
225 生意兴隆的秘密◆
230 谜一样的乘客（前篇）
231 谜一样的乘客（后篇）
233 无法消失的证据（前篇）
234 无法消失的证据（后篇）
242 元太少年的灾难
246 陷入网中的谜团（前篇）
247 陷入网中的谜团（后篇）
258 来自芝加哥的男人（前篇）
259 来自芝加哥的男人（后篇）
（出现集数：11）
266 情人节的真相（事件篇）
269 犯罪的纪念品（前篇）
270 犯罪的纪念品（后篇）
276 ***手册遗失事件
277 英语教师VS西部名侦探（前篇）
279 迷宫的阴暗（前篇）
280 迷宫的阴暗（后篇）
289 迷途森林的光彦（前篇）
290 迷途森林的光彦（后篇）
294 爱与决心的粉碎（前篇）◆
295 爱与决心的粉碎（后篇）◆
301 恶意与圣者的行进（前篇）
302 恶意与圣者的行进（后篇）
（出现集数：13）
304 震动的警视厅 1200万人质★
309 与黑暗组织接触（交涉篇）
310 与黑暗组织接触（追击篇）
311 与黑暗组织接触（决死篇）
312 夕阳染红的女儿节人偶（前篇）
313 夕阳染红的女儿节人偶（后篇）
329 金钱买不到的友情（前篇）
330 金钱买不到的友情（后篇）
335 东都显影所的秘密（前篇）
336 东都显影所的秘密（后篇）
338 4台保时捷（前篇）
339 4台保时捷（后篇）
340 厕所隐藏的秘密（前篇）
341 厕所隐藏的秘密（后篇）
343 便利店的陷阱（前篇）
（出现集数：15）
345 与黑暗组织直面对决！满月之夜的二元神秘事件★
346 寻找P股上的印记（前篇）
347 寻找P股上的印记（后篇）
348 爱与幽灵与地球遗产（前篇）◆
349 爱与幽灵与地球遗产（后篇）◆
358 本厅刑事恋爱故事5（前篇）
359 本厅刑事恋爱故事5（后篇）
361 帝丹高中学校怪谈（前篇）
366 显而易见的码头惨剧 （前篇）
367 显而易见的码头惨剧 （后篇）
373剧毒蜘蛛的陷阱◆
374 星星和香烟的暗号（前篇）
375 星星和香烟的暗号（后篇）
（出现集数：14）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
390 本厅的刑事恋物语6（前篇）
391 本厅的刑事恋物语6（后篇）
394 怪屋大冒险（封印篇）
395 怪屋大冒险（操纵篇）
396 怪屋大冒险（解决篇）
398 奇妙一家的委托（前篇）
401 宝石抢匪现行犯（前篇）
402 宝石抢匪现行犯（后篇）
403 不可思议的天使之馆（前篇）◆
404 不可思议的天使之馆（后篇）◆
411 神社鸟居之惊悚暗号（前篇）
412 神社鸟居之惊悚暗号（后篇）
414 追逐蓝色小鸟的少年侦探团◆
418 米花町阁楼的房屋◆
421 银杏色的初恋（前篇）
422 银杏色的初恋（后篇）
423 侦探团与青虫4兄弟◆
（出现集数：18）
425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间★
427 充满神秘的上学之路（前篇）
428 充满神秘的上学之路（后篇）
435 以侦探团为焦点的专访（前篇）
436 以侦探团为焦点的专访（后篇）
动画中的哀(8张)
443 令人叹息的赶海（前篇）
444 令人叹息的赶海（后篇）
453 因缘与友情的试映会
454 颠倒的结尾（前篇）
455 颠倒的结尾（后篇）
（出现集数：10）
460 1年B班大作战
466 分不开的雪人（前篇）
467 分不开的雪人（后篇）
468 池塘边的奇怪事件◆
472 少年工藤新一的冒险（前篇）
473 少年工藤新一的冒险（后篇）
476 元太的必杀射门（前篇）
477 元太的必杀射门（后篇）
478 真实的30分钟◆
481 山姥的刀（前篇）
482 山姥的刀（后篇）
483 消失的巡警◆
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
486 从右至左的招财猫◆
488 电视台的恶魔★
(出现集数：16)
492 红与黑的碰撞 血缘
495 红与黑的碰撞 昏睡
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
507 KTV包房的死角（前篇）
509 红白***与侦探团
510 柯南vsW暗号推理
511 推理对决！新一VS冲矢昴
515 怪盗基德的瞬间移动魔术★
518 明治维新神秘之旅（探索篇）◆
519 明治维新神秘之旅（解决篇）◆
（出现集数：13）
521 杀人犯—工藤新一★
522 新一的真实身份与小兰的眼泪★
523 真正想问的事
524 憎恶是青色的火花（前篇）
525 憎恶是青色的火花（后篇）
533 呼唤过去的伤痕
534 新伤痕与吹口哨的男人
535 旧伤痕与刑警之魂
536 消失名画背后的秘密◆
542 让鱼儿消失的一角岩（前篇）
543 让鱼儿消失的一角岩（后篇）
549 回转寿司的秘密（前篇）
550 回转寿司的秘密（后篇）
551 犯人是元太的爸爸（前篇）
552 犯人是元太的爸爸（后篇）
554 鹳的探索之旅（小兰搜索篇）◆
555 鹳的探索之旅（追踪阳菜篇）◆
557 与危险的二人同行
558 死亡之馆 赤壁(三顾之礼)
（出现集数：19）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)
564 侦探团VS强盗团(沉默)
568 白鸟警部，樱花的回忆(前篇)
569 白鸟警部，樱花的回忆(后篇)
571 妖怪仓库中的夺宝战斗(前篇)
572 妖怪仓库中的夺宝战斗(后篇)
575 黑色连衣裙的不在场证明(前篇)
577 萤火虫点亮的真相◆
578危机来临的红色预警
583 小林老师之恋
584 白鸟警部的失恋
585 跨越时空的樱花之恋
586 黑暗中消失的麒麟之角
587 基德vs四神侦探团
591水族馆之家◆
597 蒸汽密室的剧本(前篇)
598 蒸汽密室的剧本(后篇)
（出现集数：17）
606 法庭的对决Ⅳ审判员是小林澄子（前篇）◆
607 法庭的对决Ⅳ审判员是小林澄子（后篇）◆
614 日记演奏的秘密(前篇)
615 日记演奏的秘密(后篇)
616 福尔摩斯的启示录（名侦探的弟子）
622 紧急事态252（前篇）
623 紧急事态252（后篇）
624 初恋的录像带
631 花时钟知道一切◆
633 时间守护者的剑（后篇）
03 世纪末的魔术师☆
睿智的女王04 瞳孔中的暗杀者☆
05 通往天国的倒计时☆
06 贝克街的亡灵☆
07 迷宫的十字路口☆
08 银翼的魔术师☆
09 水平线上的阴谋☆
10 侦探们的镇魂歌☆
11 绀碧之棺☆
12 战栗的乐谱☆
13 漆黑的追踪者☆
14 天空的遇难船☆
15 沉默的15分钟 （大陆11月4日公映）
M 5 特典 命运的倒数
M 7 特典 迷宫的十字路口公映纪念
M 8 特典 银翼的时间之旅
M 11 特典 柯南推理教室 深蓝的神秘审定
M 14 特典 喜欢柯南的艺人大集
M 14 特典 通往大阪什锦煎饼的艰险之路
M 15 特典 新潟·东京礼物狂想曲
OVA 1 柯南 VS 基德 VS 阿剑！ 宝刀争夺大作战！（2001年）
OVA 5 目标是小五郎！少年侦探团的秘密调查（2005年）
OVA 7 来自阿笠的挑战书！阿笠vs柯南vs少年侦探团（2007年）
OVA 8 女子高中生侦探 铃木园子的事件簿（2008年）
OVA 9 十年后的陌生人（2009年）
OVA 11 来自伦敦的绝密指令（2011年）
OVA 特辑 追寻谜一样的水星怪兽