《3外传天之痕》的故事，发生在《轩辕剑3》的一百五十年前的中国。当时正值隋朝年间。北朝隋文帝，在消灭了南朝陈国后，结束了中国长期之分裂南北朝时期。陈国遗民不甘国家就此灭亡，于公元六○一年，集结了大队兵马，起兵造反，意图复国。隋文帝随即下令平定叛乱，然而让陈国反抗军惊异不已的是：隋朝的平乱部队是由不到二十人组成的，为首的竟然是一位年仅十岁的少年！这位身披斗篷的神秘少年，以一招神秘的「黄金之剑」，顷刻之间就将数万陈国反抗军马消灭殆尽。神秘少年以天下无敌之黄金剑（轩辕剑）立下威名，自此令所有人闻之色变，再也没人敢起兵反叛朝廷。
六年后，隋炀帝杨广时代──男主角陈靖仇奉师父之命，踏上寻找传说中五样上古神器旅途。陈靖仇是陈国后裔，在襁褓时代隋朝四处搜捕陈国遗族时，他的师父陈辅牺牲了自己的孙儿，冒险将陈靖仇替代救出。陈辅将自己复国的愿望，全落在幼小的陈靖仇身上（陈靖仇之名，即是「靖北虏，复国仇」的意思）。由于十六年前历经那场惊心动魄的战争，师父深知自己绝对无法胜过手持轩辕剑的神秘少年，所以决心改换方式，开始四处寻找传说中能让人获得天下之的五样上古神器──伏羲琴、神农鼎、崆峒印、昆仑镜、女娲石，打算收齐它们，以它们的力量来复兴故国。《天之痕》故事，就随着这场艰辛的复国之旅，逐渐展开。
完全以中国世界为舞台…
《天之痕》既然是《轩辕剑3》的外传，许多玩家们一定会问：它是不是也像《轩辕剑3》那样，是一部横跨了欧亚大陆的游戏？***是：《天之痕》的故事完全发生在大家所熟悉的中国土地之上，是一部完完全全中国风之。由于《轩辕剑3》推出后，许多玩家来信反应：磅礴如史诗一般跨越欧亚大陆的《轩辕剑3》，让人激赏再三，但玩家还希望玩到一部拥有《轩辕剑3》的效果，但完全以中国为背景的中国RPG。Domo小组为回应玩家的这一殷切期许，便将这次的故事，全部都设定在中国的土地上，并也交待了若乾《轩辕剑3》原本在中国部分并未交待的部分。
隋末唐初是一个动汤但又波澜万丈之时代。《天之痕》中，玩家将可看见许多自己熟悉的历史人物出现，并有历代的《轩辕剑》之角色，适度穿插于故事间。此外，感情戏也在这一次的故事之中担任了重要的比例，而且剧情上也延续了《轩辕剑》系列特有之上古神话色彩，及结合历史时代的特色。相信只要您是过去喜欢《轩辕剑》系列的玩家，一定可以在这次的《天之痕》中，满足地享受到一场值得回味再三的中国冒险旅程。
