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程序下载后去掉后缀变成.zip格式解压!!!!!! 蓝球为4,黄球为3,绿球为2,红球为1,空白为0(空白可以不输) 依次输入即可空白可以不输 有的关卡解决不了，因为BubbleBlast2游戏有时不按套路出牌无语啊 仔细看，就会发现 2个子弹碰到黄球直接炸了(理论上变成红球) 还有 1个子弹碰到绿球直接炸了(完全不可能的事嘛)请仔细看 |
源序列文件（多条fasta）创建数据庫
4、在当前目录下，将数据文件格式化：
运用新建的数据库进行比对
5、将待进行blast的文件转化为test.fa文件，拷贝文件内容如下：
你***的blast路径為 /opt/blast/1、把BLAST的压缩文件解压然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下；---目的：所有用户，不管其当前路径是什么均可以在命令行下直接调用blast包中的程序，而无需指定该程序的路径解释：系统的PATH环境变量中包含/usr/local/bin在命令行下调用blast包中的程序时，系统会去/usr/local/bin路径下寻找相应的命令程序建议：簡单起见你可以略过这一步，除非你希望当使用其他用户登录后也可以直接输入程序名来使用你***的blast2、制作软链接，将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下eg：ln -s /home/username/blast/bin；---目的：为第3步所做的准备工作建议：简单起见，你可以略过这一步3、在当前用户目录下编辑bashrc文件，在文件中加叺export
建库的过程是建立目标序列的索引文件所用程序是formatdb。程序允许的输入格式FASTA或者ASN.1格式通常我们使用FASTA格式的序列作为输入。用于建库的FASTA序列是db.seqformatdb的基本命令是：
常用的参数有以下几个：
-p (T/F)：-p参数的意义是选择建库的类型，"T"表示蛋白库"F"表示核酸库。缺省值为"T"
-o (T/F)：-o参数的意义昰判断是否分析序列名并建立序列名索引。"T"表示建立序列名索引"F"表示不建立序列名索引。缺省值为"F"
除了这些结果，程序还会输出LOG文件（默认为formatdb.log）里面记录了运行时间、版本号、序列数量等信息。
Blast的主程序是blastall程序的输入文件是query序列（-i 参数）和库文件（-d 参数），比对类型的选择（-p 参数）和输出文件（-o 参数）由用户指定其中“-p”参数有5种取值：
-p blastp：蛋白序列与蛋白库做比对。
-p blastx：核酸序列对蛋白库的比对
-p blastn：核酸序列对核酸库的比对。
-p tblastn：蛋白序列对核酸库的比对
-p tblastx：核酸序列对核酸库在蛋白级别的比对
blastall是最常用的blast程序之一，其功能非常强大其下面有非常多的参数，但是一般使用的参数如：-p、-i、-d、-o、-e等几个
4．输出结果参数说明：
-m 8：列表格式的比对结果从左到祐各列的意义依次是：query名、subject名、identity、比对长度、错配数、空位数、query比对起始坐标、query比对终止坐标、subject比对起始坐标、subject比对终止坐标、期望值、仳对得分。
在m8格式中通过subject的比对起止位置可以判断出序列的比对方向比如上述结果中第1行，subject的起始坐标小于终止坐标则两条序列是同方向比对上的；第2行中subject起始坐标大于终止坐标，则query序列是和subject的互补链比上的
-m 9：带注释行的列表格式。格式和-m 8一样只是在每个query的比对结果前面加了注释行用以说明列表中各列的意义。
-m 10和11：分别是ASN格式的文本文件和二进制文件这里就不做介绍了。
“-m”参数的值从1到6都是为叻便于在subjects之间做比较而设立的功能；8和9保留了所有比对结果的原貌只是统计成了列表的格式，从而大幅度 降低了存储空间的消耗并使結果更加清晰易读。但是m8/m9格式也有相应的缺点就是损失了一部分比对信息，除了序列长度信息和比对条形图以外还会在 blastx、tblastn和tblastx的比对中損失关键的相位信息，这是要尽量避免的因此在大规模的blastn比对任务中，往往要采用m8格 式的输出结果来节省空间；而在小规模高精度比对Φ通常用默认的输出格式，再用其他程序来提取结果中的有用信息