碧绿色的杰伊多所栖息的肉体，具备的是心，「纯洁者」的心……
漆黑色的杰伊多秘栖息的肉体，具备的是知识，「追求真理者」的知识……
金***的杰伊多所栖息的肉体，具备的是技巧，「掌握秘宝者」的技巧……
火红色的杰伊多所栖息的肉体，具备的是力量，「灭魔者」的力量……
Story by Sion
西大陆库琉奴城的卫队长塔雷斯，追踪崇拜拉高石和鲁多拉的神秘宗教团体“鲁多拉教”，已失失踪了一年。为了接替塔雷斯的卫队长之职，其弟子席奥、休伊、罗斯塔姆欲接受“武人塔”之考验。此时，来自东大陆巨富艾米利亚家的女孩法克茜，抓获一名教团成员。然而，休伊和罗斯塔姆在审问该教团成员之时，却被其逃脱。席奥闻讯追踪至库琉奴城南方的巨人塔，不意在巨人塔突然出现一巨人，教团成员被杀。而巨人斯鲁多取得拉高石中的宝石杰伊多后，突然发狂，向席奥、休伊、罗斯塔姆发起了猛烈的攻击。激战中，席奥飞身上前挥剑斩落其鲁多的左臂，斯鲁多身上的杰伊多在其惨叫声中飞射出去，正中席奥的右目！斯鲁多负伤逃跑的同时，将休伊和罗斯塔姆推落至塔下。法克茜、唐随后赶到，将昏迷的席奥送回库琉奴城。
Story by Surlert
居住在托鲁火山的预言者索罗，占卜出其弟子言灵师萨兰多的命运和拉高石有极密切的关系，遂让萨兰多去寻找缪希博士。缪希博士在数年前于西大陆库琉奴城附近，发现了巨人族的拉高石，从此他一直致力于拉高石的研究。如今，在东大陆的港口奥利亚布东面的“龙神遗迹”，缪希博士又找到了一块八虫类的拉高石，并在这块石上发现一称为“杰伊多”的宝石。缪希博士欲将拉高石带回其位于阿法德鲁镇的研究所，但当他听萨兰多说“感到化石中的杰伊多有着不可思议的力量”时，便让奥利亚布的发明家卡斯塔基亚博士的儿子雷津，和萨兰多一同前往大财主艾米利亚家，向其主人借用魔封三器之一“圣杯”。
Story by Riza
晴空万里、充满生机的葱绿大地、清澈明亮的水……曾几何时，这个美丽的星球被人类的祖先所污染；灰暗的天空、赤红的大地、乌黑的水……人类正走向灭亡，十六天之后，即是破灭之日的到来。在北大陆上有一座名为“卡恩”的小镇，三贤者之一塞库建造了这座小镇
并居住于此。十七年前，塞库的女儿阿库娅产下一女婴，那一瞬间，屋中女神像突然消失，婴儿的额上出现了翠绿色的宝石！根据预言书所说，当所有的生命面临灭亡之时，体内光之印的持有者，将净化这个世界。转眼十七年过去了，昔日的婴儿已成为一位亭亭玉立的少女。持有“圣洁的杰伊多”的少女莉莎，独自离开小镇卡恩，开始了救世主的宿命之旅。
Story by Sion
为了寻找休伊和罗斯塔姆的尸体，席奥和法克茜再度前往巨人塔。途中，浑浊的天空突然下起了滂沱大雨，百年罕见的大雨给这个早已被污染的世界带来一份清新。然而，奇怪的是休伊和罗斯塔姆的尸体怎么找都不见其踪影。席奥和法史茜到塔顶调查那块拉高石，无意中启动机关，两人落至暗室中，发现一巨人被锁在墙上！巨人特尤尔是被斯鲁多囚禁于此的，为了解开鲁多拉和杰伊多之迷，特尤尔提议和席奥一同去寻找达纳神族的王拉米雷斯。三人欲离开之时，塔顶忽传来巨响，又一巨人跳了下来！众人定睛一看，竟然是拉高石中巨人族的鲁多拉！复活的巨人族鲁多拉阿比利加，瞥见席奥失明的右目中闪烁看杰伊多的光芒之时，狂暴地向他冲过来。阿比利加的物理攻击十分强劲，先加强物理防御力是最为重要的。值得庆幸的是现在的阿比利加只有LV4，不足为惧，而在“萨兰多之章”中的阿比利加具有LV29的等级，成为一相当难缠的对手。阿比利加又回复成化石，席奥三人带着满腹的疑惑离开巨人塔，回到库琉奴城，准备迎接明日的武人塔的试练。
Story by Surlert
萨兰多和雷津离开龙神遗迹往西行，不一会儿即来到了艾米利亚的公馆。萨兰多说明来意后，其主人多米利亚倒也十分慷慨，马上邻着两人进入密室取圣杯。孰未料，两名自称为&财宝猎人&的少年迪恩、基德闯入，将圣杯盗走！萨兰多和雷津急忙追出去，对方在慌乱中令圣杯落在地上，圣杯发出奇怪的光芒，此时，天空中突然下起雨来！两个盗贼不管三七二十一，再拾起圣杯逃之夭夭。萨兰多和雷津只能在大雨中望之兴叹，艾米利亚追了出来，告之魔封三器具有封印的效用，如今的这场雨想必是因为圣杯的封印被解开的缘故。既然圣杯被盗，萨兰多和雷津便先回港口奥利亚布，找缪希博士商量。缪希博士认为能够代替圣杯的只有魔封三器中另外两面件宝物，而魔封三器的下落，三贤者之一预言者索罗肯定知晓。故萨兰多整理好装备后，来到雷津的家中，向其父亲卡斯塔基亚博士借小船前往托鲁火山。两人行至山上，却遇大片岩浆拦住去路，幸好萨兰多持有熔岩石，安全地渡过熔岩海，来到了萨兰多的老师索罗的住处。索罗告诉萨兰多，魔封三器之一&圣衣&就在奥利亚布东北方的&嗽叭祠堂&，要穿过树海方能到达。为了安全起见，索罗让其另一然弟子梭克和萨兰多同行。
Story by Riza
莉莎独自离开她生长的小镇，对她来说还有一件事和净化这个世界同样重要——寻找她幼时便下落不明的母亲。离小镇卡恩最近的城镇是巴贝尔城，从那里可以乘船前往东大陆。但是，在卡恩和巴贝尔城之间有座雷姆森林。而且就在这雷姆森林中，莉莎遇见几个凶神恶煞的士兵追赶着一青年男子。原来，那男子名叫格拉伊尔，乃巴贝尔城反叛军的领袖。巴贝尔城的市长库尔冈利用古代空气净化装置，使整座城充满清新的空气，但是，获得舒适环境的前提条件却是沉重的税金和高压政策，市民们在库尔冈的压制下苦不堪言。城中的孩子们组织反叛军，推举格拉伊尔为他们的领袖，立志要打倒那恶德市长，让巴贝尔获得自由！莉莎遂和格拉伊尔一同前往巴贝尔城，稠密的雨点开始从灰暗的天空中落下……
Story by Sion
古奴路夫城位于库琉奴王城的北方，该城镇的港口有定期船驶向奥姆帕罗斯镇。在古奴路夫城内，耸立着专门考验库琉奴王国士兵的&武人之塔&。过去，塔雷斯便是通过了武人塔的试练，成为王国的卫队长。如今，席奥、法克茜、特尤尔三人亦进入武人之塔，接受挑战。战斗分三个回合，每天一个回合。第一回合是和三骑士的战斗，可以选择３对３的团体作战比较稳妥。赢得第一回合武人战的胜利之后，席奥三人正打算乘小船前往言灵山拜访三贤者中的佐拉，突然看见大群的蝴蝶在空中飞舞，浑浊的空气变得清新宜人。圣域内的言灵山，传说其中有通往冥界的道路，因此，三贤者之一言灵师佐拉看守着这座山。席奥三人目睹大气净化之后，来到言灵山山顶，向佐拉打听有关拉米雷斯的下落。佐拉通过占卜，告诉席奥，拉米雷斯乘着方舟在奥姆帕罗斯镇附近徘徊。
Story by Surlert
萨兰多一行三人从托鲁火山归来，将圣衣的有关消息告诉缪希博士。谈话间，忽闻外面一阵骚乱，众人忙走到窗前向外张望，但见一大群的蝴蝶飞过，昏暗的天空猛地明亮起来！缪希博士推测这是古代达纳神族所制造的利用遗传因子的净化装置。告别了缪希博士后，萨兰多穿过东面的树海，来到了“喇叭祠堂”。在其深处，萨兰多不仅找到了圣衣，还在墙上看见“达纳预言书”及其纹章。然而，先前盗走圣杯的两个“财宝猎人”又出现在萨兰多面前。不过，这次可没那么简单了，在梭克的威逼下，迪恩乖乖地交出了圣杯。但他又表示：“没有看见圣衣是什么样子就空手而归，有损‘财宝猎人’的名誉。”出于武士之情，萨兰多取出圣衣给对方观看。谁知，迪恩突然将萨兰多推倒在地，劈手夺过圣衣和圣杯，再次和基德溜之大吉！萨兰多两次被对方所骗，虽满腔愤恨，但也没有任何办法。
Story by Riza
莉莎和格拉伊尔来到了巴贝尔城，为了躲过了士兵的耳目，格拉伊尔贝悄悄地前往反叛军的基地，莉莎则独自在城内收集情报。巴贝尔城内虽有着清新的空气，但其居民们的心并不见得开朗，百姓对那邪恶的市长亦是敢怒不敢言。莉莎找到格拉伊尔，众人决定稍事休息后，潜入市长的住宅，完全启动古代空气净化装置。是夜，莉莎在睡梦中梦见母亲当初生产时的情景……待她从梦中惊醒，已是明月当空。莉莎和格拉伊尔、反叛军们分两路潜入市长的家中。两人找到净化装置的同时，不易被市长库尔冈发现。虽然库尔冈唤来一巨型机器人对付莉莎，但是在格拉伊尔的帮助下，库尔冈最终不敌正义的力量，其灵魂嚎叫着飘向黑暗的冥界。格拉伊尔兴奋地启动空气净化装置，从这个太古的装置中生产出大群的蝴蝶，飞向空中，蝴蝶所经过之外，浑浊的气息立刻消失，取而代之的是沁人心脾、纯净的空气。解放了巴贝尔城的莉莎，回自己的故乡向爷爷告别，然后打算在巴贝尔搭船往东大陆。
Story by Sion
从言灵山归来的席奥三人，略做休息后即刻再上武人塔，进行第二回合的试练。这次的对手是女武士，可选择“武器战”和“言灵战”两种。因为“武器战”不可以使用言灵，无法加强辅助攻击以及回复，故全灭的可能性比较大；而“言灵战”中要装备雷属性的防具，使用风属性的言灵及回复言灵，应该很容易便能取胜。武人的试练二回胜利后，席奥又马不停蹄地前往港口乘定期船，赶到奥姆帕罗斯镇。此时，已是深夜。在道具屋，席奥找到了店主努古，获知在奥姆帕罗斯北方的迪尔菲山山顶，有座托拉遗迹，近日有一老人前往遗迹调查至今未归。席奥正想打听更多的情报，又有三个旅行者似乎是住在好家附近的卡斯塔基亚博士的儿子雷津、以及三贤者之一索罗的弟子萨兰多和梭克。席奥决定到托拉遗迹去控个究竟，当他走出道具屋时，无意间听见萨兰多和努古的谈话，其内容似乎牵涉到“鲁多拉教”。现在的席奥显然无暇插手鲁多拉教的事情，寻找拉米雷斯是首要的。走出小镇，席奥等人在平原上出现了方舟，但是方舟内空无一人。进入托拉遗迹，有两个人慌张地冲了出来，正撞见席奥。但见席奥右目中的杰伊多突放射出异光，同时那红衣少年的手中发出金色的光芒！未等席奥反应过来，自称是“财宝猎人”的红衣少年迪恩和他的死党基德已消失地列影无踪。席奥一行人走入屋内，却看见老人拉米雷斯正从石化中恢复过来。据拉米雷斯所言，他在此外找到了金色的杰伊多，不料杰伊多具有自我的意识，会自动选择其主人，显然拉米雷斯并非是合适的人选，故被杰伊多所石化。但就在刚才，两个少年进来盗宝，杰伊多突然离开拉米雷斯，飞入其中一红衣人的手中。席奥现在总算是明白了，为何那日在巨人塔塔顶，斯鲁多突然发狂、杰伊多飞入自己的眼睛。席奥一行四人，离开托拉遗迹正想乘方舟前往天空之城，但是他们所年岁的竟是方舟缓缓地升起，驶向远方！难道是那“财宝猎人”迪恩所为吗？失去方舟的席奥只得返回王城再做打算。
Story by Surlert
萨兰多空手回到奥利亚布，刚进村子，便看见奇怪的木偶带村中的小孩一蹦一跳地离开，紧跟着数名村人追了出来。原来，近几日有一神秘的宗教团体经常绑架小孩。萨兰多虽然愿意帮助村人，但是必须先向缪希博士汇报一下情况。缪希博士见萨兰多等人又没有拿到圣衣，只得表示先将龙神遗迹中的八虫类拉高石回研究所。而先前的村民们冲进来，告诉萨兰多，那个神秘教团将孩子们掳至法路遗迹中去了。缪希博士接茬道：奥姆帕罗斯的商人努古有艘小船可以前往法路遗迹。那么，就先乘定期船去奥姆帕罗斯镇吧！萨兰多一行三人步入候船室，看见缪希博士和一美丽少女、一邋遢的青年在谈话。见到萨兰多，缪希博士忙问是否在“嗽祠祠堂”见到达纳的预言书。雷津将在“喇叭祠堂”所见的古代文字告诉博士，那少女闻言立刻起身前往“喇叭祠堂”。少女离开后，缪希博士告诉萨兰多，她叫“莉莎”，一出世便具有杰伊多，背负着救世主的宿命。告别了博士后，萨兰多等人乘船至奥姆帕罗斯，走近道具屋，瞥见店主努古正在和三个放行者谈话，忙向他询问是否可以借用其小船。努古热情地将小船借给萨兰多，在席奥的注视下，萨兰多等人驾驶小船离开了小镇。萨兰多刚抵达法路遗迹就受到主人翁物们的“热烈”欢迎。在遗迹的深外，他们找到了“鲁多拉教”的咒术师奥兹努。奥兹努擅长火系言灵，因此最好先取得火属性的防具、或者加强言灵防御。南倒奥兹努后，萨兰多打开机关，将被捕的孩子们都救了出来，其中有一奇怪的孩子罗洛似乎是丧失了记忆。法路遗迹显然不宜久留，萨兰多带着孩子们赶紧乘小船回到缪希博士研究所的所在地阿法德鲁镇。
Story by Riza
在巴贝尔休息了一晚后，莉莎准备乘定期船前往东大陆的奥利亚布镇。当她上船之际，格拉伊尔被孩子们推至莉莎面前，莉莎微笑着同意和格拉伊尔一起冒险时，他不禁开心地笑起来。两人抵达奥利亚布港口时，恰巧遇见了祖父塞库所说的缪希博士，并获知莉莎的母亲如今在西大陆的库琉奴王国附近。随后而来的萨兰多一行人又给莉莎提供了宝贵的情报：“嗽叭祠堂”内有达纳的预言书以及言灵教典。在莉莎和格拉伊尔欲穿过树海前往祠堂的路上，遇见一魔物拦住去路，而在该魔物的头上有一八虫族的小孩在挣扎着。消灭魔物后，莉莎方知那孩子名叫皮平，来自“前世便与世隔绝的村庄”，乃八虫族的王子，正欲前往“龙神的遗迹”去寻找八虫族的宝藏。莉莎、格拉伊尔和皮平三人先来到祠堂，从洞中遗留的言灵教典中得知，西大陆精神的圣域是言灵师们修练之地。看来，还是要到西大陆才能有所收获。不过，按照皮平的愿望，莉莎带着他到龙神的遗迹中探险。龙神遗迹中的BOSS是“火燕光”，顾名思义其属性为火，对于它来说言灵攻击没有什么效用，因此让皮平和格拉伊尔攻击、莉莎负责回复最为有效。龙神遗迹的冒险结束后，莉莎三人从奥利亚布乘船来到奥姆帕罗斯，在该镇的告示牌上，写着“停止了十数年的‘武人塔’的挑战再度复活，胜者将出任库琉奴王城卫队长一职。”之类的话，莉莎遂决定乘船往西大陆找库琉奴国王。
Story by Sion
席奥在乘船回古奴路夫城的途中，出科意料地又看见三人组成的冒险队伍，且其首领居然是个明媚的少女！更奇怪的事还在后面，那少女莉莎上前向询问库琉奴国王的事时，席奥眼睛内的杰伊多又一次发出光芒！不过，现在耽误到极的是赶紧回古奴夫城的武人塔，参加最后一轮的挑战。武人塔的最后一战是强制席奥和神秘的武斗家之间的单挑，因此带齐回复药是最稳妥的办法。终于结束了这场艰难的战斗，神秘的武斗家原来是东南方教会中的米拉牧师，十数年前席奥的老师塔雷斯队长亦和他交手过。席奥一行四人登上屋顶，准备接受表彰之际，突然日食出现了！预感到灾难即将来临的拉米雷斯，敦促席奥使用杰伊多的力量，令“勇者的宝座”飞向天空！席奥等人利用“勇者的宝座”终于来到了空中大陆的达纳宫殿。根据宫殿中达纳神族所提供的情报，巨人斯鲁多早已达到窜大陆，现正往“基史蒙多冰山”去了。因为失去了方舟，所以席奥等人只能利用达纳宫殿下面的雷恩之都的反重力列车继续其旅程。
Story by Surlert
萨兰多一行人回到了缪希博士的研究所，梭克打算回托鲁火山向索罗老师打听情报、雷津和缪希博士的女儿美米尔护送孩子们回奥利亚布，而萨兰多则留下来观察拉高石的研究状况。在研究所山下的阿法德镇的港口，萨兰多送走伙伴们后回到研究室。缪希博士告诉他今日可能会出现日食，有兴趣的话可以到屋顶上观看。于是，萨兰多在研究员的陪同下登上屋顶。果然，日食出现了！然而，就在此时，屋内突然传出悲鸣！萨兰多急忙跑入屋内，但见研究员们个个倒地身亡。乘着电梯来到地下室，萨兰多发现缪希博士亦趴在地上不知生死，他刚想解救博士，猛地看见拉高石中的八虫族的鲁多拉在日食的映照下竟然复活了！萨兰多愤怒地走上前质问鲁多拉为何杀害缪希博士，而鲁多拉则一面叫着“杰伊多”一面向萨兰多冲去！萨兰多只觉得全身一阵剧烈的疼痛，整个人被鲁多拉击飞出去。倒地的瞬间，预感到死亡将至的萨兰多，模糊中看见那漆黑色的杰伊多闪烁着傀丽的光芒向着自己飞过来。光芒中，萨兰多向暗的世界坠落……
Story by Riza
在驶向古奴路夫城的船上，莉莎看见一身着铠甲的男子带着一少女、巨人和老者，这显然是个非常奇怪的组合。向船夫们打听下来方知那青年男子乃库琉奴王国的士兵，名叫“席奥”，亦是此次武人塔的挑战者。莉莎忙上前向其询问在那里可以见到库琉奴王国。谁知，她话音刚落，额上的杰伊多突然和对方眼睛里的杰伊多产生共鸣，两人同时被击倒在地！莉莎茫然起身，但见席奥亦有些莫名其妙。听席奥所说，武人塔的挑战时国王会来观战，故莉莎在古奴路夫城的武人塔内不仅观看了席奥的比赛，同时也目睹了日食中席奥等四人坐着“勇者的宝座”飞向天空的情景。没有遇见国王的莉莎，只得前往东方的小教会，在小教会中发现祭坛上的女神像竟然和她梦中所见的女神像一模一样！据牧师米拉所言，教会中的女神像乃库琉奴国王的赠物。莉莎虽然很想当面向国王询问有关女神像和其母亲的事情，但毕竟一国之王理不会那么容易能见到的。于是，莉莎拜托米拉牧师通过席奥的朋友－－王宫见习士兵唐，肯请能够晋见国王。通过唐的引见，莉莎终于见到了库琉奴国王。国王一见莉莎，便立刻想起数年前曾见过一位长相和她十分相似的女子，是她带来了女神像。那女子有着一双坚定锐利的眼睛，为了言灵的修练，前往言灵山佐拉处修行去了。
Story by Sion
席奥在前往基克蒙多冰山的途中，又看见方舟悠然地在天空中飞驰。在冰山的入口处，意外地发现冰山被封。斯鲁多的目的就是利用杰伊多和力量，令巨人族成为世界的主宰，所以席奥必须取得基克蒙多冰山内的传说之剑。但如今冰山被封只能另想他法。为了追踪方舟，拉米雷斯暂时告别众人，而席奥三人先行返回雷恩之都。在得知斯鲁多回到达纳宫殿的消息后，席奥赶忙回宫殿，正好遇见斯鲁多！斯鲁多表示其左臂伤势未愈，现在作战未免胜之不武，席奥遂答应待其痊愈后再战。离开达纳宫殿之时，突然空气中弥漫着腐朽的气息，桥墩上的骷髅开口说起话来：获得达纳四神的认可之后，前往古拉姆遗迹，传说之剑的力量可使达纳返回大地！虽然，席奥等人发现大地上发生了异变、黑暗世界的魔物们纷纷挣脱封印而出，但现在只能先乘坐反重力列车，前往达纳四神的第一站“时计塔”！然而，列国行至中途，忽遭遇到过去被达纳四神所封印的魔物巨岩巴特拉的攻击！尽管席奥三人战胜了巴特拉，但反策略列国却无法再前进了，唯有用走的去“时计塔”了。在“时计塔”的最顶层，席奥找到了达纳四神之一芒玖。芒玖虽然不会使用攻击言灵，但却能令对手的攻击力不断下降，因此最好先创造出加强攻击力的言灵，再与之一战。胜利之后，席奥打开时钟之门，停止的时钟再度运转起来，破灭的钟声第一次响彻整个世界……众人往回走，居然又看见了那两个“财宝猎人”！当然又没能追上他们，只能眼睁睁地看着他们驾驶着方舟得意地离去。修复了的反策略列国载着席奥三人来到了遗迹都市，古拉姆遗迹便在该市的南方。
Story by Surlert
萨兰多缓缓睁开又目，展现在他眼前的是从未见过的场景。再看看自己，才发觉全身都是透明的了！“难道我真死了吗？”萨兰多不禁茫然。走到楼上，他方看清这是一间宿屋，在其角落中有一中年人向他打招呼。萨兰多走上前去，得知那人名叫“库尔冈”，和自己一样也是幽灵。库尔冈告诉萨兰多，杰伊多的持有都可得以生返！“但是，我并没有杰伊多。”萨兰多道。库尔冈指着他似笑非笑地道：“那不是吗？”萨兰多低头一看，自己的体内竟放射出幽光，光芒的中心赫然是那八虫族鲁多拉的杰伊多！他想起临死前所见的景象，看来不可争议的事实是自己不仅被八虫族的鲁多拉所杀、而且还被杰伊多所选中！萨兰多忙向库尔冈询问复活的方法，库尔冈让他到魔导博物馆，界时自会知晓。走出宿屋，萨兰多在这冥界的小镇基利克中溜哒了一圈，此处的武器和防具堪称一流的，只要有钱就赶快买下来。对冥界有所了解之后，萨兰多出发前往东南方的魔导博物馆。在魔导博物馆中，萨兰多发现库尔冈站在一块巨石前，而那块石头竟然是拉高石！库尔冈告诉萨兰多，唯一能使他复活的人就是这块拉高石中的人类鲁多拉哈乌赞！哈乌赞和杀死萨兰多的八虫
同样是鲁多拉，但却是一直在保护人类的善良的鲁多拉。萨兰多听信了库尔冈的话，用杰伊多的力量将哈乌赞从拉高石中解放出来。复活了的哈乌赞十分感谢萨兰多的帮助，并表示要令萨兰多回到地面上必须要借用妖刀的力量。三人在博物馆中找到了妖刀，萨兰多根据哈乌赞所说，欲用杰伊多封印妖刀，但就在封印的瞬间，萨兰多竟然反被妖刀封印在其中！哈乌赞见此情景不禁哈哈大笑起来，他拔起妖刀和库尔冈走出博物馆，利用山顶的传送器来到地面上！一时间，阿法德鲁镇被黑暗所笼罩，哈乌赞打开冥界的通道，恶灵们纷拥而出，飞向世界的第一个角落！库尔冈对致自己于死地的莉莎恨之入骨，这次帮助了哈乌赞得以返回地面，可以找莉莎报仇，但独缺一副肉体。哈乌赞阴森森地笑道：“肉体？萨兰多的肉体怎么样？”库尔冈欣喜若狂，连忙冲入缪希博士的研究所，取得萨兰多的肉体得意洋洋地走了出来。哈乌赞则将妖刀插在研究所前的土地上，道：“萨兰多，尔不是想要回到地面上来吗？现在你的愿望得以实现了，只是失去了自由而已！”说完，哈乌赞和库尔冈扬场而去，留下妖刀清冷地屹立在互寂的土地上。随着时间的推移，阳光照射过来，妖刀全身沐浴在金色的光芒之中……
Story by Riza
出发的前夜，莉莎在库琉奴城的客房中做了个奇怪的梦：一座腐朽、荒凉的城市里，几个人正在挖掘着什么。站在一旁的还有一名女子，和被称为“基鲁多”的男子，而那些人所挖掘出来的竟然是樽女神像！“基鲁多”认为神像和预言书有着极大的关系，他正说着，突然女神像发出七色的光辉……梦境似乎是在提示莉莎，快赴言灵山和佐拉会面。莉莎一行三人从库琉奴城出发，抵达东面的圣域要塞。圣域要塞的指挥官索马向莉莎表明：没有得到圣域守护神阿库娅的许可，任何人不得通过圣域前往言灵山！于是，莉莎三人来到要塞北方的森林修行场，请求阿库娅让她去言灵山。遗憾的是，阿库娅一直背对着众人，态度十分冷淡。莉莎失望地离开，但仔细地回味一下阿库娅的话语，又觉得有些不太对劲。众人正想返回去再找阿库娅，突然天色昏暗、无数的亡灵飘荡过来，向修行场飞去！莉莎见势不妙，急忙赶回去，但是已经太晚了－－阿库娅被恶灵所附身，并向莉莎三人发起凌厉的攻势！一场激战之后，莉莎等人虽然除去了恶灵，但同时也令阿库娅受到重创。倒在血泊中的阿库娅艰难地抬起头，望着莉莎勉强地展开最后一丝笑容－－莉莎这才看清，阿库娅竟然就是自己一直在寻找的母亲！无论怎样悲叹都已太迟，莉莎唯有擦干泪水，请求索马能放好通过圣域。
Story by Sion
席奥三人在古拉姆遗迹中，并没有花费太多的时间就找到了“古拉姆剑”。取得宝剑之后，回到遗迹都市搭乘反策略列车至水栖族的小镇洛马。在洛马镇的道具屋内，居然又见到了“风的行商人”努古，努古所贩卖的物品的价格是市价的四倍！因此完全没有必要在此外购买。洛马的一住民为席奥提供了极有价值的情报：小镇南方的夫雷伊遗迹，据说只有“被选中的人”方能进入！
Story by Surlert
随着破灭之钟的敲响，阳光照耀在妖刀上，令封印在刀中的萨兰多来到了冥界的下层之间。站立于下层之间正中位置的一巨大的魔物，自称是生命进化的执行者高毛拉。“只有被杰伊多选中的人方能来到此地。”高毛拉道，当他听完萨兰多的经历之后，神情变得严峻起来。他告诉萨兰多，哈乌赞乃“四勇者”之一，其愿望是毁灭人类！现在只有杰伊多的宿主方能够击败哈乌赞！“可是，我现在已经死了，肉体也被库尔冈夺走了。”萨兰多不禁懊恼。高毛拉指着左边的一道小门，道：“在那里面有两具肉体，一是战士、一是言灵师，你可以从中挑选一具，然后我将打开冥界通往地面的道路，令你回到地上世界。”萨兰多闻言来到小屋中，果然在其中看到了两具人类的肉体，他却不知道这两们死者便是在巨人塔失踪、席奥的两们师兄罗斯塔姆和休伊！因为第一次回到人界的时间很短，所以先选择战士罗斯塔姆的肉体比较妥当。取得肉体后的萨兰多离开下层之间，从位于冥界魔导博物馆西北方的传送器回到人界。走下传送器，萨兰多惊异地发现自己正处于托鲁火山之中！更令他高兴的是师弟克闻声走了进来。萨兰多刚想上前打招呼，孰未料梭克认为他是冥界来的魔物并拔剑相向。无论萨兰多怎么解释，都无济于事，好在恩师索罗相信他，并让梭克和萨兰多一同去找回其躯体。出了托鲁火山，来到了奥利亚布镇，在发明家卡斯塔基亚博士的家中，萨兰多找到了雷津和罗洛。雷津和梭克同样不肯相信，眼前的这个陌生人就是他们的好友萨兰多。正当萨兰多哭笑不得之时，一旁的罗洛忽然走到他面前，感谢萨兰多在法路遗迹中救了他。众人对于罗洛的特殊能力大吃一惊，但是不管怎样，萨兰多总算是得到了大家的认可。此时，卡斯塔基亚博士告诉萨兰多：前几日，艾米利亚的公馆内出现了许多魔物，于是，萨兰多、雷津、梭克以及罗洛四人一同前往艾米利亚的公馆。在原先放置圣杯的小屋中，萨兰多等终于找到了魔物的首领－－杀死萨兰多的那个八虫族的鲁多拉“拉兹姆”！仇人见面分外眼红，如今结合了三个伙伴的力量，萨兰多毫不客气地迎向对方。拉兹姆的属性为风，因此千万不要给角色装备雷属性的防具。好不容易给自己报了仇，萨兰多还未来得及欢呼其胜利之时，哈乌赞突然出现在他面前。“萨兰多，你难道忘了自己是如何从妖刀中出来的吗？鬼魂是见不得阳光的！”在哈乌赞的狞笑声中，灿烂的阳光从天窗中透进来，光芒中萨兰多的身体逐渐透明！“到托鲁火山等我……”萨兰多急切地对伙伴们道，话音未落，整个人消失在空气中。
Story by Riza
圣域要塞的指挥官索马正静静地等候着莉莎三人的到来，显然他已获悉阿库娅的死讯。“想要通过圣域，就必须战胜我！”索马一声令下，六名手下轮番攻了过来。莉莎在保存实力的前提下，瓦解了那六名火、水言灵师的攻势，紧接着便是和索马对决。索马的属性为风，擅长物理攻击。以风属性的防具和加强物理防御为基础，用雷系攻击言灵，经过一番苦战之后，莉莎终于赢得了前往言灵山的许可。走出圣域，在言灵山的山脚下莉莎又遇到了“财宝猎人”迪恩和基德，并瞥见迪恩手臂中杰伊多的光芒。当迪恩知道前几日的大气净化乃莉莎所为时，慷慨地将“圣衣”和“圣杯”送给她（反正是偷来的，迪恩也不会觉得心疼，倒霉的只有萨兰多一人而已。）。告别了两少年之后，莉莎在言灵山和佐马会面。佐马告诉莉莎：这个世界中有四个杰伊多的存在，每个杰伊多都具备其不同的力量，莉莎所持的杰伊多乃是拯救世上万物的杰伊多。根据达纳预言书所说，莉莎必须借助于“黑暗深渊中束缚者”的力量。于是，佐拉使用言灵将莉莎三人送入暗的世界，让她去寻找那个能够帮助她的人。众人来到冥界的入口处，发现许多幽灵正在排队等候运送船的到来，格拉伊尔等得不耐烦，上前将两个护卫打倒，和皮平拉着莉莎跨上小船，往下游驶去。在冥河中游的河滩上，莉莎救起一水栖族的女子，那女孩在昏迷中呓语：“必须将守护神送回清澈的水中……”。女孩清醒过来时，正看见皮平的面容，吓得尖叫一声，落荒而逃。经皮平的一番解释，莉莎言明白：鲁多拉乃灭亡和再生的使者，每四千年出现一次，使旧的种族灭亡、新的种族诞生；过去便是八虫类的鲁多拉毁灭了水栖族，建立了八虫族的时代，所以水栖族人见到八虫族人总是有些恐慌的；现在还有十天便是人类四千年的终结之时。莉莎一行三个继续乘小舟前进，不料前方突然出现瀑布，慌乱之中三人齐齐落下……黑暗之中，莉莎的母亲阿库娅忽然出现在她面前，面对母亲的呼唤，莉莎却想起临别时佐马的话：“千万不要轻信怪灵的话！”。莉莎默不作声，果然那是亡灵幻化的影像，当真正的阿库娅出现之后，便消失了。莉莎自真正的阿库娅手中接过父亲的遗物时，已泣不成声。送走母亲的亡灵之后，莉莎等人走入钟乳洞中，在那里他们再度遇见先前的水栖族少女玛莉娜。在莉莎的安慰下，总算是消除了玛莉娜的敌意。&127;玛莉娜来自水栖族的故乡海底之城拉伊拉，因为水源的污染日趋严重，故长老让玛莉娜带着海之守护神“赫古”的卵去寻找清澈的水，以便能令赫古安全地孵化。在莉莎答应帮助玛莉娜后，她欣然加入了冒险的队伍。钟乳洞的深处，达纳神族的怪兽普鲁斯迪正等待着莉莎的到来，用风属性的言灵击倒它后，即获得“灵木的种子”。穿过钟乳洞，莉莎等人由传送器回到人界。四人一出传送器，即被守护的神官卡拉误认为魔物并遭受到他的攻击。当卡拉明白事情的原委后，请求莉莎将圣杯安置在此地，即路内遗迹中，以镇压魔物。莉莎一口答允，告别卡拉去寻找安置圣杯的密室。不意在遗迹中看见一言灵师打扮的青年，莉莎觉得十分眼熟，还没等她想起对方是谁，那人已认出莉莎并向她攻来。这场轻松的战役当然是以言灵师的落荒而逃告终，等他走后莉莎方想起此人便是曾在奥利亚布的候船室中，缪希博士向她介绍的言灵师萨兰多。为什么萨兰多要攻击自己？莉莎满头雾水，她带着这个疑问将圣杯安置在密室内，然后离开了路内遗迹。
Story by Sion
席奥走出洛马镇时，忽然看见地下北大陆的污染地带逐渐变成葱绿的大陆！随着大地的净化结束，破灭的钟声敲响了第二下。根据村民所言，席奥在洛马南方找到了夫雷伊遗迹。遗迹中达纳的第三位神“奥普西斯”在测试了席奥等人的实力之后，诉说了“灭亡和再生”的过程：每一个种族都经历了诞生、发展、繁荣、衰落、灭亡这一过程，旧的种族一旦不再适应此世界时，新的种族便会取而代之。当天变地异时，众多生命消失，所有生命的天敌“鲁多拉”出现，施行种族灭亡。鲁多拉有十件秘宝：四个杰伊多－－生命的杰伊多、死亡的杰伊多、复苏的杰伊多、圣洁的杰伊多；六件武具－－默示录之剑、女王之袍、王者之铠、力量之盾、灵魂之盾、愚者之靴。当鲁多拉集全十件秘宝即是其完全体的展现。但是，如今四个杰伊多竟然栖息在面临灭亡的种族－－人类的体内，这不能不说是从未有过的异变！
&127;最后，奥普西斯告诉席奥，想让达纳回归大地，必须得到达纳神域中玛尤拉的许可。反重力列车载着三位冒险者来到了达纳神域，玛尤拉见席奥并非是她所寻找的“掌握秘宝者”，不由分说便发起了猛烈的攻势。玛尤拉善用阳系攻击言灵，其中最强的特技非“大星卫”末属，因此想要战胜她必须付出相当大的代价！席奥获胜之后，玛尤拉不得不告诉他回到地上的方法。于是，席奥高举起魔剑古拉姆，天空之岛剧烈地震动起来……
Story by Surlert
再度回到冥界下层之间的萨兰多，从高毛拉处得到了另一具肉体－－言灵师休伊的肉体，为了不再发生意外，高毛拉施法令其肉体不畏惧阳光，并让萨兰多到魔导博物馆找“加尔姆”的化石。陈列在博物馆最下层的“加尔姆”乃上古冥界兽，虽然早已死亡，但仍残留了少许意识，它知晓不少有关“哈乌赞”的情报。出乎意料地，萨兰多在加尔姆化石前遇见一容貌端庄的女性幽灵，对方自称是“阿库娅”，她有个女儿叫“莉莎”背负着救世主的宿命。萨兰多努力搜索一下记忆，方想起曾在奥利亚市镇的候船室中见过一名为“莉莎”的女孩。阿库娅看出萨兰多并非常人，便肯请他帮助莉莎救这个世界，萨兰多自然满口答应下来。为了表示感谢，阿库娅告诉萨兰多：地上世界中有一个避世的村庄，里面住着达纳神族，前往此地的唯一方法是取得“歪斜空间的能源装置”来启动比尔夏纳遗迹中的传送器。阿库娅离开后，萨兰多体内的杰伊多唤醒加尔姆的意识，从其意识中获知一惊人的消息：远在达纳神族、水栖族、八虫族、巨人族的鲁多拉之前，还有四个鲁多拉的存在！这四个鲁多拉是美伊法、哈乌赞、塞梭、米托拉，他们被称为“四勇者”。四勇者乃自遥远虚空而来的战士，亦是最早期的鲁多拉，其中美伊法则被后人奉为“女神”！可惜的是，加尔姆的话还没有说完，其意识便完全消失了。萨兰多怀着满腹疑惑走出魔导博物馆，却看见湖中原本枯萎的树根突然变得生机勃勃，树根旺盛地生长时，第二下破灭的钟声响起。接着，树中传来两个人的说话声，其中之一称为“奥普西斯阁下”的人诉说了“灭亡和再生”的过程。听完灵木盗听奥普西斯和特尤尔的对话后，萨兰多原先的传送器回到托鲁火山。不出其所料，他的伙伴们雷津、梭克的和罗洛正耐心地等候着他的归来。萨兰多重整队伍之后，利用索罗左首的传送器来到了梭多姆废城，在这里他们意外地遇见了莉莎一行人。莉莎告诉萨兰多，她将圣杯放在了路内遗迹中并在遗迹中发现一打扮成萨兰多原形的怪人（即库尔冈）。而皮平亦认出罗洛是和他一起离开“避世村庄”的伙伴。离开梭多姆废城，经过基克蒙多冰山、言灵山之后，萨兰多来到了美伊法神像，并找到了“歪斜空间的能源装置”。用它启动冥界另一个传送器，即来到了比尔夏纳遗迹。
Story by Riza
从路内遗迹往北行，不一会儿便来到了污染地带，并找到了灵木。莉莎种下“灵木的种子”，苍天的大树立刻耸立在她面前。灵木将席奥等人和奥普斯的对话转述给莉莎听。了解到“灭亡和再生”过程的莉莎告别灵木前往西南方的梭多姆废城，途中经过一污染收容所，又是一番凄凉的景象。在梭多姆废城内，莉莎和萨兰多相遇，在对方的身上她竟感到了杰伊多的力量。根据奥普西斯所言，四个杰伊多的宿主已诞生，那就是席奥、萨兰多、迪恩以及莉莎本人。在废城梭多姆内仔细地搜查一番，莉莎终于找到了“地下圣域的发掘报告”。记得西大陆圣域的索马曾说过：西大陆的圣域乃“精神的圣域”，而北大陆还有一座“文明的圣域”存在。人类四千年的历史，最初的两千年物质文明高度发展，科学的力量支配世界，然而紧随其后的是整个星球被污染、破坏；两千年后，在这污染的世界中精神的力量占主导地位，但是四千年的历史如今面临着种族灭亡的时刻。废城内的“地下圣域的发掘报告”记载了研究人员发掘北大陆“文明圣域”的过程。
Story by Sion
席奥三人在地震中慌忙逃出达纳的圣域，走到外面方发现整个天空大陆正在不断地下降！当席奥不知所措时，拉米雷斯驾驶着方舟将其救起。在方舟内，席奥意外地看见了托拉遗迹中的那两个“财宝猎人”－－迪恩和基德，原来就是他们盗走了方舟。不过看在对方亦拥有杰伊多的份上，席奥就不和他计较了。众人利用方舟回到了雷恩之都，在前往达纳宫殿时发觉许多人都失踪了，难道又是斯鲁多搞的什么阴谋吗？席奥冲入宫殿，但见早已伤愈的斯鲁多趾高气昂地端坐在拉米雷斯的王座上。此番决斗纯粹是力量的较量，一般的攻击性言灵起不了什么作用，唯有加强物理防御、物理攻击方是上策。激战之后，席奥总算是消灭了斯鲁多，为罗斯塔姆和休伊报了仇。稍事整理一下，四人走出雷恩之都，猛地看见迪恩驾驶着方舟撇下他们离开了！无可奈何之下，席奥前往基克蒙多冰山，寻找达纳四神的最后一位。
Story by Surlert
萨兰多通过森林中的无限迷宫（方法是左、上、右、下），来到了“避世的村庄”。见过长老后方知，他们的伙伴罗洛是达纳神族现令唯一的一个孩子，全族的未来便寄托在他身上。可是就在几天前的一个夜晚，罗洛和八虫类的王子皮平偷偷地离开村庄，让村人们担足了心事。但是罗洛执意要跟随萨兰多一起去冒险，长老看见萨兰多体内的光芒，也就放心地让他去了。根据长老的指示，萨兰多找到村中的口传师，获知从遥远虚空而来的四勇者，亦是鲁多拉、拉高石的俑作者，想要揭开四勇者的秘密，必须搜集五颗拉高石的碎片。萨兰多一行四人刚走出避世的村庄，便目睹天空大陆的落下。在好奇心的驱使下，四人穿过曲折的山洞，意外的发现西面的出口竟通往树海，这样可节省不少时间。（北面的出口是路库的祠堂和时计塔，可以上那里练功、寻宝。）在树海虽然有冥界兽拦住去路，但凭着萨兰多四人的高超武艺，自然是轻松地过关。再回到奥利亚市，得知沙漠中突起暴风，无法前往阿法德鲁镇。所幸的是雷津的父亲卡斯塔亚博士发明了停止沙暴的仪器，于是，萨兰多带着仪器经过龙神的遗迹（可以入内击败火燕龙来提升等级），来到了暴风的中心。所谓的沙暴，原来是一巨大的魔物干的好事。这是一个强劲的对手，如果不使用加强角色防御力的言灵，是很难取胜的。铲除了沙漠风暴的祸根后，萨兰多再次来到了那令他感慨万千的小镇－－阿法德鲁。
Story by Riza
走出梭多姆废城，听到破灭钟声的同时，莉莎惊讶地看见天空一个个浮岛落了下来！急忙往回走的四人，来到了最近的洛马镇。在这水栖族的小镇内，玛莉娜一见那清澈的流水立刻赖着不肯走了，显然不等大海的守护神赫古孵化出来，她是不会离开的。告别玛莉娜后，莉莎三人来到了南方的污染都市高毛拉。眼前这座荒凉的都市是那么的熟悉，恍若莉莎在库琉奴城梦中的都市！在高毛拉的地下城内，虽然莉莎一度失支了两个伙伴，但最后还是凭着自己的心将他们从梦的禁锢中解救出来。三人在这“文明的圣域”内终于找到了报告书中所言的“铁铸的魔物”－－拉乌美，显然它便是莉莎在巴贝尔城释放空气净化装置时所见到的幻影！拉乌美没有弱点，因此只能用物理攻击或雷系的言灵。由四勇者之一的“美伊法”所制造的拉乌美乃导向破灭、污染和再生的装置。
Story by Sion
此时，基克蒙多冰山上的冰在融化，令席奥等四人得以人内。行至冰山的深处，席奥意外地发现了达纳神族的拉高石，所幸石中的鲁多拉并没有复活。虽然在途中曾找到了一把假的冰之剑，但当众人找到真正的冰之剑时，达纳四神之一迪来乌斯出现了！不难看出，迪亚乌斯擅长风系的攻击言灵，因此加强风属性的防御至关重要。击败这个并非很强的对手之后，席奥取得冰之剑，并获悉自己具有“灭魔者”的力量。正高兴之时，冰山突然崩溃，在震动中席奥四人滚落至海中，突然一巨大的生物游了过来，将众人吞入肚内！此巨大的生物不是别的，正是玛莉娜孵化的水之守护神赫古。在赫古的体内，席奥等人顺着毛细血管爬上爬下，居然还找到不少水栖族人。此处的敌人善用污染之术，如果没有带齐污染药的话，就造一句逃脱的言灵，尽量回避战斗。在赫古体内的深处，席奥终于找到了与赫古融合的操纵者姚基，姚基误以为席奥会对赫古造成危险，故奋力向众人攻来。姚基的属性为水，运气不好的话可能会被他削去近250点HP，因此防御言灵应放在首位。&127;总算是消除了误会，姚基告诉席奥：因为海水污染严重的关系，现在赫古的体内亦被污染，使之无法作远距离的移动，更何况再这样下去，赫古的生命亦有危险。唯一解救的方法是取得圣杯，净化赫古的体内。席奥接过姚基给他的笛子，然后准备出发前往艾米利亚公馆，借圣杯一用。
Story by Surlert
阿法德鲁镇如今已成为死灵者的村镇，充满着死亡的气息。镇北的拉高石研究所亦是如此，萨兰多对自己解放哈乌赞之事再怎么后悔都不能改变事实，现在唯有赶快集全拉高石的碎片。取得研究所内八虫族鲁多拉的拉高石碎片之后，萨兰多突然有种不祥的感觉，众人急忙赶往托鲁火山。遗憾的是仍慢了一步－－恩师索罗竟已被库尔冈所杀！萨兰多怀着悲痛的心，从冥界东面的传送器来到比尔夏纳遗迹，再从那里传送至路内遗迹。（途中会经过“达古达的天文台”，除了两个宝箱外，还有一个BOSS“萨拉斯”。萨拉斯和“席奥之章”中的玛尤拉十分相似，是个难缠的对手，但是冲着那可观的经验值和金钱，不可错过。）在路内遗迹中，萨兰多追上了库尔冈，为了将对方封印起来，罗洛帮助他找到了圣杯。如今库尔冈使用的是萨兰多的肉体，因此攻击言灵特别强劲，尤其擅长雷系言灵。凭着满腔的愤恨，萨兰多终于夺回了自己的身体，也为老师报了仇。
Story by Riza
击败拉乌美的莉莎回到灵木取得灵木的果实后，再度前往梭多姆废城，取得钥匙进入隐藏的房间。在这里莉莎阅读了有关污染装置的详细资料，然后返回污染都市高毛拉，进入另一间地下室停止了污染装置。
Story by Sion
席奥刚走出赫古的祠堂，便感到一股异样的雾气在阿法德鲁镇内飘荡。在小镇中央的一个大窟窿中，席奥发现冥界的灵气正不断地从中散发出来，令整个小镇的居民位都变成了死灵。众人离开阿法德镇，穿过龙神的遗迹来到了区米利亚的公馆，出乎意料的是这座公馆早已被废弃，成为魔物的巢穴。法克茜惊讶之余，在书桌上找到了父亲留下的字条，便急忙赶到奥利亚布镇。在奥利亚布镇看见父亲平安无事，法克茜总算是松了口气。然而，艾米利亚告诉她的却是坏消息：圣杯早就被盗贼偷走！席奥失望地回到阿法德鲁镇，突然看见几名鲁多拉教的教团员向研究所走去，他不禁心念一动，悄悄地跟了过去。众人躲在后面看见教团员乘着电梯进入地下室，紧跟着便传来其惨叫声！席奥闻声冲入地下室，只见那几个教团员和该研究所的主人缪希博士的尸体！席奥正在纳闷之时，一魔物借用缪希博士的尸体出现在他面前！战斗一开始，魔物“那加”便使用致死言灵，强制性地让法克茜死亡，因此不需要去理睬法克茜，就凭席奥、特尤尔和拉米雷斯三人便足以战胜那加。虽然取得了胜利，但法克茜却再也不能醒来了！席奥抱着法克茜冰冷的尸体痛哭之时，缪希博士的幽灵出现，向奥表示感谢的同时，亦为他指引方向－－传说中“避世的村庄”内，达纳神族的长老拥有复活药！席奥精神为之一振，马上来到赫古的祠堂，吹响雷子召唤赫古。在赫古的体内，众人突然海水竟然慢慢地变得清澈起来，这是继空气净化、大地净化之后，水的净化！
Story by Surlert
萨兰多一行四人走出路内遗迹时，亦目睹了海水的净化。然后，往西走又一次来到废城梭多姆，仔细地转悠一圈后，被传送器送至基克蒙多冰山。此时的基克蒙多冰山的冰早已融化，萨兰多遂入内探险。看来幸运之神总算是惠顾至萨兰多头上，在冰山不费吹灰之力就找到了达纳神族的拉高石，石中的鲁多拉还告诉他另外两块拉高石的下落。根据达纳神族的鲁多拉所言。萨兰多出了冰山后由言灵山前往库琉奴王城。在那里略作休息后，向南行进入巨人塔。在巨人塔最上层的密室内，众人发现了巨人族的拉高石。但是巨人族的鲁多拉似乎不及达纳神族来得“老实”，居然再度复活，并攻击众人。巨人阿比利加的特性和“席奥之章”中没有什么差别，但因为其等级高达LV29，故HP和攻击力亦非往日可比，仍是个强敌。战胜之后，萨兰多开始考虑如何潜入海底。
Story by Riza
莉莎三人回到洛马，却得知玛莉娜与赫古的卵同时被水卷走了！众人急忙赶回污染都市高毛拉，从污染装置下面的“深海的祠堂”来到海底的皮拉米多。在这里又找到了玛莉娜，她肯请莉莎帮助赫古净化大海。莉莎只要将神殿中的机关都打开，让赫古们进入里屋，然后打倒看守者塔那帕迪即可。塔那帕迪并不是很强的角色，三下两下便可搞定。现在没有谁来阻拦了，莉莎进入里屋，在赫古们的协助下，启动水的净化装置，浑浊的海水顿时变得清澈亮丽起来。大气、大地、海的污染净化之后，莉莎在达纳神族的指引下，前往比尔夏纳遗迹，因为“女神美伊法有要事相告”。赫古带着众人先来到水栖族的海底城拉伊拉，玛莉娜获得长老的许可之后，跟随众人继续旅行。乘着赫古抵达比尔夏纳遗迹时，莉莎发现旁边的一座遗迹上有一女神像，而这女神像和她几次梦中所风的一模一样！遗憾的是该遗迹的大门上有封印存在，怎么也打不开。
Story by Sion
席奥抱着法克茜的尸体走进“避世村庄”长老的房间时，里面正在谈话的人都被吓了一跳。当长老听了席奥的来意后，不禁显出为难的神色－－因为复活药早已不在他手中了！席奥几乎绝望之时，一旁的少女走上前来并表示她有复活药！席奥喜出望外的同时，亦认出该少女便是曾在定期船上遇见的“莉莎”！法克茜服下莉莎给的复活药后，立刻醒转过来，脸色也红润起来。为了感谢莉莎的帮助，席奥将召唤赫古的笛子送给她。但是，失去赫古之笛后，席奥就很难离开这片大陆了。长老看出了他的难处，遂让他去找口传师打开通道让其能回到奥利亚布镇。在奥利亚布镇的告示牌上，席奥发现了米拉牧师的留言：有要事相商，速来小教会！
Story by Surlert
萨兰多根据达纳神族告诉他的消息，至阿法德鲁镇南方的沙漠遗迹中取得能潜航的宝物。巧的是当他得到宝物出来时，居然又见到了迪恩和基德！这真是送上门的好事！萨兰多马上和对方谈起交易来：宝物可以交给迪恩，但他必须得带萨兰多前往海底神殿。迪恩一口应允，而且竟没有耍什么花招－－可能他亦想到海底去探宝吧？！雷津将潜航装置在方舟上，驾驶着它潜入海底。
Story by Riza
莉莎等人通过森林进入“避世的村庄”，而该村的长老见到皮平后的一阵唠叨，使她了解到皮平居然是离家出走！长老还告诉莉莎，每四千年一次的灭亡将至时，美伊法女神都会降临，并选择体内光之印的栖宿者来拯救这个世界。正说着，突然一男子抱着一具女尸闯了进来。莉莎立刻认出那名男子就是“席奥”，并将最后的复活药送给了对方。收下席奥回赠的赫古之笛后，莉莎取得比尔夏纳遗迹中的钥匙，前往遗迹。（如果有兴趣的话，可到时计塔和路库的祠堂一游。）进入被封印的遗迹内，启动里面的能源装置，然后美伊法女神告之：如果想要救这个世界、不被灭亡，到“北之地”和我决战！莉莎乘着赫古回到自己的故乡“卡恩”，打算向爷爷请教“北之地”的所在。（因为可以自由地操纵赫古，所以先利用这一机会将世界各地兜遍，装备好最强的武具，如若不然，进入女神像后就再也没有机会了。）莉莎找遍了全镇都不见爷爷塞库的身影，最后在家中的书桌上发现了他的留言：南大陆通往暗的世界的入口打开了、南西大陆上月光中人类在消失，频繁地发生异变令人不安，必须前往言灵山造访佐马。莉莎别无它法，四人一同再度至言灵山。当佐马告诉她世界的灭亡不可避免时，莉莎坚信自己拥有的自然之力可以改变未来！众人毅然回到卡恩，从那里乘小船进入“北之地”的女神像内！
Story by Sion
席奥从奥利亚布乘定期船抵达古奴路夫城，再从那里向东南行至小教会。来拉牧师告诉席奥，鲁多拉诞生的时日即将来临，必须尽快找佐马相谈此事。另外，库琉奴国王似乎是得到了一些有关塔雷斯卫队长的情报。众人正说着，教会中的女神像突然消失了！破灭的钟声敲响了第六下！席奥拿着米拉牧师交给他的塔雷斯剑，先行去见库琉奴国王。国王的消息确实惊人－－鲁多拉教团的本部竟然在冥界！欲前往冥界，必须通过言灵山的传送器。席奥不再犹豫，做好一切准备之后，立刻回到古奴路夫城，利用小船绕过圣域至言灵山。
Story by Surlert
萨兰多、雷津、梭克、罗洛、迪恩和基德六人在方舟上目睹了女神像飞向天空之后，来到了海底城拉伊拉，并从水栖族长老的口中得知海底神殿就位于拉伊拉的东南方。众人进入海底神殿，在其深处找到了水栖族的鲁多拉卡达尔。卡达尔当然是擅长于水系攻击，使用水属性的防具和火属性的武器是最省力的方法。取得水栖族的拉高石碎片后，众人告别迪恩和基德，从托鲁火山回到冥界。
Story by Riza
莉莎一行四人穿过女神像内错综复杂的迷宫后，终于站在了女神美伊法面前。此时再说什么都是多余的了，唯有战斗！美伊法毕竟是四勇者之一，能使用高级阳系的言灵，杀伤力极大。因此角色的防具中必须有阳系的防具！莉莎艰难地取得胜利之后，美伊法告诉她：消灭这个星球的生物并非在这里，而在遥远的月球上！只要它一发动，便能摧毁整个世界！那个生物的名字叫“梭多姆”！所以，莉莎真正的使命便是阻止梭多姆，但是现在距离梭多姆对这个星球放射最大能量光束，还有四天！没有时间犹豫了，莉莎向美伊法表明她愿意前往月球完成自己的使命！隆隆的震动声中，巨大的女神像飞向空中，飞向那遥远的月球……
Story by Sion
席奥等人行至言灵山山腰时，便察觉到了异变－－圣域居民的尸体横呈、鲁多拉教团员四处走动！佐马有危险！众人急忙赶至山顶，正撞见鲁多拉教的干部拉瓦那欲杀佐马！不由纷说，双方立刻展开一场激战。只要有强力的火系言灵防御的状态，这场战斗的胜利者终究是席奥。看来随着末日的来临，鲁多拉教亦开始行动起来，事不宜迟，众人安置好佐马后通过传送器，向冥界鲁多拉教本部进发！
Story by Surlet
早在席奥进入冥界之前，萨兰多便通过托鲁火山的传送器来到了冥界的魔导博物馆。轻尔易举地取得人类的拉高石碎片之后，众人进入加夫之间，向高毛拉询问哈乌赞毁灭人类的原因。哈乌赞和高毛拉同是四勇者，正因为哈乌赞本身用人类的鲁多拉，帮他不允许再度出现人类的鲁多拉危及自己；也正是因为出于想牵制哈乌赞，高毛拉将杰伊多给了人类。了解到真实的萨兰多，决心凭借自己的力量成为新一代的鲁多拉！为了获得完全体的鲁多拉，萨兰多前往托拉遗迹，消除哈乌赞的势力－－打倒对方的伙伴！众人从冥界回到奥利亚布，卡斯塔基亚博士为他们指明托拉遗迹的位置：乘定期船至奥姆帕罗斯镇，出镇后入北行至迪尔菲山，托拉遗迹便在其山顶。
Story by Riza
女神像内，静候月球基地的到达。
Story by Sion
席奥气势汹汹地杀入鲁多拉教本部，一路披荆斩棘行至四楼，猛然看见恩师塔雷斯正和教团员交战。惊喜交加的席奥忙跟随其后至六楼……然而，等待席奥的鲁多拉教主竟然就是塔雷斯本人！面对恩师要自己交出杰伊多，席奥一阵茫然，但他想起自己的使命－－灭魔者的命运！一场师徒大战就此展开……塔雷斯身为席奥的老师，其物理攻击自是不言而喻，最为可怕的是一招单体致死的剑斩，如果让其频繁地使用，后果将不堪设想！另外，塔雷斯的最强力一击，若角色的HP低下的话可能将导致全军覆灭！因此随时保持HP近全满状态至关重要。残酷的战斗终于以塔雷斯的失败而告终，但是面对自己的恩师的尸体，席奥实在是高兴不起来。取得十神宝之一“灵魂之盾”的席奥，怀着沉重的心情，离开了摇摇欲坠的鲁多拉教的本部。在门口一个幻影出现在席奥的面前，“勇敢的战士呀，如果能和你这样的战士一战，将是件非常痛快的事。”眼前的幻影竟是四勇者之一“塞梭”！塞梭告诉席奥进入“休米赞”的方法：塞梭持有的十神宝之一“力量之剑”已交给了击败他的人－－一位言灵师，“但是，如今看来你比他更适合使用那把宝剑！”塞梭对席奥道，“在西北方的达拉库村，你可以找到那位言灵师，用你的盾交换他的剑，便可进入‘休米赞’，见到你的最后的敌人！”说完，塞梭的幻影消失在空气中。席奥听从他的话，往西北走，果然发现一小村庄－－达拉库，亦是本游戏最后的一座村庄。在酒巴内，席奥见到了那位击败四勇者塞梭的言灵师－－“黑暗深渊的束缚者”萨兰多。
Story by Surlert
无疑，萨兰多永远是最倒霉的主角，在这第十四日里，他的旅程最为艰辛－－和五个实力强劲的BOSS对决！托拉遗迹内的小喽罗亦比其它任何地方的魔物都要难缠，必须频繁地使用攻击言灵言能取胜！但如此一来，MP和道具的消耗量极大。而且更为要命的是在这共有十二层的地下遗迹内，仅有两处回复、两处S***E！因此，如果角色的等级没有超过LV35的话，就不要进入托拉遗迹内！（因为五个BOSS的等级依次为LV37、LV41、LV41、LV45和LV46！）五个BOSS中首先遇上的是双头鸟，而该魔物的竟然盗用索罗和缪希博士的脸！萨兰多自是不能原谅这种行径，以强力的攻击和风系言灵击败对方。进入遗迹的地下后，先是一阵令人头昏眼花的传送，然后在地下四楼，和第二个BOSS雷扎斯堤斯交战。对方的攻击力虽不算是上乘，但速度其快，一回合内可以攻击多次，如果角色的实力并非很高的话，就多咏唱一下提高速度的言灵吧！第三个BOSS加亚，等候在地下五楼。该角色和“莉莎之章”中的神宫卡拉十分相似，擅长各种言灵攻击。地下第九层的守护者又是个熟悉的BOSS“堂普迪”，和“莉莎之章”中的普鲁斯迪不同的是，它具备的属性是水。最后的一个BOSS自然是留守在最后一层。萨兰多一见这位拦住去路的战士，便感觉到对方的与众不同。果然，眼前这气宇非凡的战士就是四勇者之一－－塞梭！别看塞梭只有两招：“空斩”和“大空斩”，但其攻击力异常地高，即使是使用提高防御力的言灵，亦基本上每受一次攻击就要立刻做回复！况且，攻击言灵对他根本没有用处，只能靠物理攻击来取胜。为了迎接这场战役，装备防具时根本不需要考虑属性，而是选择防御力最高的武具来装备。众人战至精疲力尽之时，才将塞梭击倒在地，这样的强敌，萨兰多实在是不想再和他斗第二次了！为了表示对敌手的敬意，塞梭将“力量之剑”赠给萨兰多后翩然离去。而萨兰多总算是离开了这个地狱船的鬼地方，来到了冥界的另一座小镇达拉库。在达拉库的酒巴里，萨兰和席奥相遇并接受对方的提议－－交换剑和盾。如果玩者一时贪心，没有选择第一项“交换剑和盾”，而选择了不交换或是将剑和盾独吞的话，那么在“休米赞”内和哈乌赞决战之时，哈乌赞会使用“告死鸟”的绝招，强制性的全军覆灭！
Story by Riza
飞往月球的途中。
Story by Sion
进入“休米赞”的深处，席奥和他的伙伴们看见次斯的鲁多拉在孵化，阻止它的方法只有一种，最直接也是最干脆的方法……次期鲁多拉使用的是火和风系的言灵，虽然很强，但和今后要交手的敌人来比较，真是小菜一碟！众人继续深入敌穴，竟来到了加夫之间！显然，席奥之的最终首领就是净化指的指引者高毛拉！和高毛拉的战斗中，对方会召唤三个手下来帮忙，为了保证胜利，全员必须装备阴和水属性的防具。时刻注意角色HP的同时，亦要经常加强防御力（加强防御力言灵有有效时间是五个回合）。凭着不懈的努力，席奥终于取得了胜利！当他离开冥界，前往地上时，等候他的人竟是萨兰多和迪恩……
Story by Surlert
萨兰多在“休米赞”遇上的最终首领，不用说大家都已一清二楚－－四勇者之一、人类的鲁多拉哈乌赞！因为“萨兰多之章”的第十四日太过于辛苦，所以安排了一个实力最差的BOSS！不过，“瘦死的骆驼比马大”，将风系言灵修练得如火纯青的哈乌赞，亦不容许萨兰多对他轻敌。全国以赴的萨兰多在伙伴们的帮助下，终于手刃了宿敌，和席奥一起走出冥界……
Story by Riza
莉莎他们借助于美伊法的力量，在灭亡的前一日赶到了月球基地，和终极兵器“梭多姆”对决！梭多姆的弱点是火，装备水属性的防具和咏唱强力的火系攻击言灵，是最有效的方法。破坏了梭多姆之后，美伊法告诉莉莎：战斗还没有结束！四勇者之一的米托拉是这个世界、以及所有生命的创造主，同时变是制造毁灭这个世界的梭多姆的主人！持有杰伊多的人，聚集起来时，便可与该星域最强的米托拉会面！
Story by Dune
席奥、萨兰多、莉莎三位主角的章节结束之后，自称“财宝猎人”的青年，迪恩之章刚刚拉开序幕－－席奥、萨兰多、莉莎三人分别告别自己的伙伴们，和迪恩一同搭乘方舟，驶向茫茫的宇宙……四位背负着整个世界命运的青年，他们的第一站是“过去之门”！为了解开过去的咒缚，四位主角在四间房间内分别打倒过去的敌人：鲁多拉教的干部“拉瓦那”、八虫族的鲁多拉“拉兹姆”、树海的植物“塞塔比扎”、巨人族的鲁多拉“阿比利加”。击败四间小屋的敌人后，正中房间的封印被解开，迎接主角们的是四勇者之一、人类的鲁多拉“哈乌赞”真正的姿态！真正的哈乌赞擅长使用雷系和阴系的言灵。
冲出“过去之门”的主角们，又来到了“未来之门”。在“未来之门”的一间小屋内，有四个装有增加MP最大值的魔法之种的宝箱，反复进出此屋，将四位主角的MP全都加至顶点为止！而离开无限迷宫的方法是，来回踏上两个通气孔，进行四次战斗，每次战斗的敌人必须不一致。如此，便可进入最深处的房间，和四勇者之一塞梭的真身痛快地大战一番！
贝路桑迪神殿代表的是虚伪的现在。在神殿的入口处，四位主角面临考验：他们最亲密的朋友们出现在其眼前，呼唤着他们、阻止其前进。面对幻象，主角们不为所动，径直往里走……神殿的深处，创造主米托拉正静候杰伊多宿主们的到来。米托拉会作三段变身，第一形态的属性为风、第二形态的属性为阳、第三形态的属性为水。前两种形态比较容易对付，最难的自然是第三形态的米托拉。那时的创造主通常是600点破坏力左右、当主角的属性为它所克时会遭受1200点的破坏！&127;因此，装备风、阳、水属性的防具，以及及时咏唱加强防御力的言灵是此战中必不可少的要素。如果想轻松地获胜的话，就在“未来之门”内，把等级练至70以上吧！持有杰伊多的人类，终于为米托拉施行种族进化打上了终止符！但是，为了保护这个世界的安定与和平，四勇者席奥、萨兰多、莉莎和迪恩的冒险之旅还将继续……