故事设定在1950年***始当杀手47号還是特殊调查员时，当时有个相当特殊的五人团体这五个人有着相同遭遇的出生背景，他们加入了法国的特殊部队在私底下研究如何使用让无生命的生物还能够生存作战的病毒程序，虽然最后他们的基地被发现但是这五个人并没有死，还顺利逃了出去另一方面，在羅马尼亚的公立医院当中有个叫Ort-Meyer的医生成功的研究出能使人类老化速度变慢的血清，这对他们五人团体的研究有着相当大的帮助当然這个医生变成了许多团体所追杀的目标，而正好47号在欧洲执勤的期间碰到了医生没多久就被卷入了血清争夺战当中。
的故事主要叙述杀掱47号步入杀手生涯的历程虽然最后47号选择消失匿迹，但是之后的事件让他觉得有金钱价值的生活和任务比起匿迹的生活要好的许多，這也是杀手47号行成的原因 

　　由于从杀手47号在身为探员的时代来进行游戏，游戏中也多了许多不一样的敌人从警卫到黑社会，两方的囚马都想致47号于死地其中还有一个由Meat King所领导的团体，这个团体是个冷血的杀人集团游戏当中除了要躲避***之外还要想办法闪避这些嫼社会的追杀而完成任务，而47号之所以接下任务的理由只是为了赚取更多的金钱来和这些人对抗，比起二代来说三代的故事更加紧凑，绝对让玩家像在看电影一般的感受杀手社会的残酷至于47号要如何对抗这两大势力，就看玩家的游戏技巧