“轩辕劫”的故事发生在“天之痕”的三年后主角陈靖仇和拓拔玉儿从通天塔回来之后守护着化为女娲石的小雪和已故师父的衣冠冢。但是有一天他们遇到了新的神秘敌人——轩辕神族。轩辕神族不仅打败了陈靖仇和玉儿更把轩辕剑和女娲石夺走。并声称包括其他的上古神器在内本都是属于他们的東西于是，为了救回小雪也为了阻止轩辕族的企图。陈靖仇与玉儿展开了旅程 [1]

在旅途中，主角意外地救下了一名长得和小雪一模一樣的女孩可是她却坚持声称自己不是小雪……

那么，这名女孩与小雪到底有没有关系她和陈靖仇、玉儿之间又会发生什么故事？神秘洏强大的轩辕神族他们的最终目的又是什么呢？