单分子测序分析软件学习笔记SMRT(HGAP3命令行组装)
1:SMRT软件的下载地址为：/devnet/
2:软件的***说明：，***完成后要运行组装程序，先加载环境变量，命令如下：
/share/nas2/genome/biosoft/smrtanalysis/2.3.0/smrtanalysis/current/etc/setup.sh
3:以前的三代数据只包含bas.h5，现在一个cell的数据由1个bas.h5
file, 和3个 bax.h5&组成
4：将三个数据整理成如下形式输出，注意文件前面包含路径，命名为input.fofn：
/home/fanyc/nas21/testing/pacbio/ecoliK1/Analysis_Results/m004_sidney_c_s1_p0.1.bax.h5
/home/fanyc/nas21/testing/pacbio/ecoliK1/Analysis_Results/m004_sidney_c_s1_p0.2.bax.h5
/home/fanyc/nas21/testing/pacbio/ecoliK1/Analysis_Results/m004_sidney_c_s1_p0.3.bax.h5
5:生成xml格式文件
fofnToSmrtpipeInput.py input.fofn & input.xml
6:运行smrtpipe.py
--examples输出如下：
这里我们使用hgap3做组装，所以在响应目录下找到：params.xml文件
注意要修改
7:可以运行组装了。组装命令如下：
/share/nas2/genome/biosoft/smrtanalysis/2.3.0/smrtanalysis/current/analysis/bin/smrtpipe.py
--params=params.xml xml:my_inputs.xml
以上可以参考：
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以上网友发言只代表其个人观点，不代表新浪网的观点或立场。略谈分子束外延技术的发展--《微细加工技术》1986年04期
略谈分子束外延技术的发展
【摘要】：正 分子束外延技术(简称MBE)是随着超高真空、表面分析和薄膜生长技术的发展而逐渐成熟的一种新工艺。1968年美国贝尔实验室A.Y.Cho等人为制作深度方向掺杂元素精确控制的超薄平面结构和多层叠加结构膜,第一次提出分子束外延技术。1968年至1974年期间,很多研究工作者在GaAs、GaP衬底上对ⅢⅤ族化合物半导体进行了大量外延生长参数、表面结构和成膜机理等方面的基础实验研究。由于处于探索阶段,曾
【作者单位】：
【关键词】：
【正文快照】：
一、引 言 。I ‘一j:i 分子束外延技术(简称MBE)是随着超高真空、表面分析和薄膜生长技椭g发展而逐渐成熟的一种新工艺。1968年美国贝尔实验室A.Y.cho等人为制作深度方向掺杂元素精确控制的超薄平面结构和多层叠加结构膜,第一次提出分子束外延技术。19i 68年至1974年期间,很
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He was engaged in several Project Concept Developments and is expert
in the field of Health Care Consultation & Project Concept Development.
His excellent contacts in South East Asia to well positioned
institutions and the government,makes us an internationally recognized
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Grace Villamor
She is specialized in developing and managing projects related to agroforestry
and forestry. She has been involved with the World Agroforestry Centre
(Philippines) in developing CDM Projects in the Philippines.
She obtained her Master of Science in Tropical Forestry and Management from
the Dresden University of Technology in Germany and her Bachelor of Science in
Forestry from the University of the Philippines at Los Banos.
Also, she had
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ASEAN region and co-authored publications on biodiversity and protected areas.
Dr. Jose A. Azarcon, Jr
Head Technical Consultant for Biodiesel Projects
Dr. Jose A. Azarcon, Jr. has been active in energy conservation and management and
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